Nombreux fichiers ou gros fichier ?

Bonjour,

C'est peut-être un peu (Ôô) plus général que Java, mais peut-être aussi que Java (et surtout sa classe

Scanner

) à des arguments à lui. Et c'est en Java que le ou les fichiers sont traités. Donc :
Dans un cas de donnée typée chaîne de caractères stockée sur une ligne, avec beaucoup de ces données, et beaucoup de traitements concurentiels à faire en lecture, tant sur l'ensemble de données que sur chacune sans aucun lien avec les autres, et ce de manière continue (à la demande) :
Est-ce qu'il vaut mieux créer un fichier de 300 000 lignes (aïe les

Thread

), ou 300 000 fichiers d'une ligne (aïe la mémoire) ?
Des pièges autre que la synchronisation dans les deux cas ?
Merci de bien vouloir m'éclairer un peu, beaucoup, fruit de la passion et nommément. :)