Exécuter des commandes sur un ensemble de fichiers d'un répertoire

Fermé
irishupk Messages postés 24 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020 - Modifié le 28 mai 2019 à 20:54
irishupk Messages postés 24 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020 - 29 mai 2019 à 17:38
Bonjour,

je souhaites réaliser une suite de commande sur un ensemble de fichier qui se trouvent dans un répertoire.
Mes commandes marchent bien car on lui précise un fichier mais impossible de lui faire comprendre que je
souhaite réaliser ces étapes sur un ensemble de fichier présents dans un répertoire.

Voilà ce que je propose :

#!/usr/bin/python
# -*- coding: <utf-8> -*-
 
import os
import requests
 
 
 
for element in os.listdir('/dossier/ou/se/trouve/fichiers'):
  if element.endswith('.txt'):
    #file = open("rsID.txt", "r")
    file = os.open("%element.txt", "r")
    for rs in file:
      r = requests.post(
                      url='https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/api/snpense/snpense/',
                      json={
                      'organism':'hsapiens',
                      'query': rs
                      }
                      )
      if not r.json()['result'] :
        print (rs,"NA")
      else :
        print (rs,r.json()['result'])
    file.close()


Et voilà l"erreur qui m'est retournée :

  File "rsID.py", line 16, in <module>
file = os.open("%element.txt", "r")
TypeError: an integer is required

Merci



Configuration: Macintosh / Firefox 67.0
A voir également:

1 réponse

irishupk Messages postés 24 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020 1
29 mai 2019 à 17:38
Sujet résolus
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