Constitution d'un tableau
Flo
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yg_be Messages postés 24281 Date d'inscription Statut Contributeur Dernière intervention -
yg_be Messages postés 24281 Date d'inscription Statut Contributeur Dernière intervention -
Bonjour,
Je suis un débutant en python, notre prof nous a donné un exercice où il faut écrire un script permettant de générer un fichier correspondant à un tableau dans lequel seront reportés :
• colonne 1 : l’identifiant du gène,
• colonne 2 : la valeur d’expression,
• colonne 3 : l’identifiant de l’orthologue chez Arabidopsis,
• colonne 4 : les informations concernant la fonction.
Les délivrables attendus pour cette tache sont : un script python et le fichier reprenant les information des gènes et les valeurs d’expression.
Mais les informations sont contenues dans 2 tableaux au format .txt
J'ai écrit une partie d'un script, je n'arrive pas à faire l'association de la valeur d'expression contenue dans un fichier (count) avec les 3 autres colonnes contenues dans un autre fichier (annotation).
output=open("delivrable4.txt", "w")
annotation=open("annotation.txt").readlines()
for line in annotation:
tab=line.split('\t')
pacid=tab[0]
locusname=tab[1]
besthit=tab[2]
arabidefline=tab[3]
count=open("read-count.tab.txt").readlines()
for lines in count:
nb=lines.split('\t')
locus=nb[0]
expression=nb[1]
for name in locusname :
for loc in locus :
if name == loc :
output.write(name + '\t' + expression + '\t' + besthit + '\t' + arabidefline + '\n')
Merci d'avance pour votre aide
Je suis un débutant en python, notre prof nous a donné un exercice où il faut écrire un script permettant de générer un fichier correspondant à un tableau dans lequel seront reportés :
• colonne 1 : l’identifiant du gène,
• colonne 2 : la valeur d’expression,
• colonne 3 : l’identifiant de l’orthologue chez Arabidopsis,
• colonne 4 : les informations concernant la fonction.
Les délivrables attendus pour cette tache sont : un script python et le fichier reprenant les information des gènes et les valeurs d’expression.
Mais les informations sont contenues dans 2 tableaux au format .txt
J'ai écrit une partie d'un script, je n'arrive pas à faire l'association de la valeur d'expression contenue dans un fichier (count) avec les 3 autres colonnes contenues dans un autre fichier (annotation).
output=open("delivrable4.txt", "w")
annotation=open("annotation.txt").readlines()
for line in annotation:
tab=line.split('\t')
pacid=tab[0]
locusname=tab[1]
besthit=tab[2]
arabidefline=tab[3]
count=open("read-count.tab.txt").readlines()
for lines in count:
nb=lines.split('\t')
locus=nb[0]
expression=nb[1]
for name in locusname :
for loc in locus :
if name == loc :
output.write(name + '\t' + expression + '\t' + besthit + '\t' + arabidefline + '\n')
Merci d'avance pour votre aide
A voir également:
- Constitution d'un tableau
- Tableau word - Guide
- Trier un tableau excel - Guide
- Tableau ascii - Guide
- Imprimer un tableau excel - Guide
- Tableau croisé dynamique - Guide
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yg_be
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bonjour,
tu écris "je n'arrive pas": as-tu une idée de comment y arriver, ou as-tu une question?
par ailleurs, merci d'utiliser la coloration syntaxique quand tu partages du code.
tu écris "je n'arrive pas": as-tu une idée de comment y arriver, ou as-tu une question?
par ailleurs, merci d'utiliser la coloration syntaxique quand tu partages du code.
output=open("delivrable4.txt", "w") annotation=open("annotation.txt").readlines() for line in annotation: tab=line.split('\t') pacid=tab[0] locusname=tab[1] besthit=tab[2] arabidefline=tab[3] count=open("read-count.tab.txt").readlines() for lines in count: nb=lines.split('\t') locus=nb[0] expression=nb[1] for name in locusname : for loc in locus : if name == loc : output.write(name + '\t' + expression + '\t' + besthit + '\t' + arabidefline + '\n')et donc, arrivé en ligne 10, que contient la variable locusname?
avant de programmer, il est nécessaire de réfléchir à ce que fait le programme: peux-tu prendre le temps d'écrire cela?