Découpage/retouche d'une vidéo, comment je peux faire?

Bonjour à tous,
Voilà, je débute dans le montage vidéo et pour m'exercer je fais des "petits montages" pour des copains. Bref, j'aimerai savoir comment je peux faire pour découper/retoucher une vidéo (même si je pense que ces termes ne sont pas adapté ;D) de façon à ce que je puisse l'intégrer dans une vidéo de la même façon qu'un gif avec un fond transparent.
Pour illustrer mes propos qui sont surement obscure, voici un exemple:
Dans cette vidéo ( https://www.youtube.com/watch?v=nTevcKDlLsM&feature=youtu.be ), je veux pouvoir avoir une animation du personnage d'animé jouant de la flûte que je pourrai ensuite intégrer dans une de mes vidéos (donc ici, il s'agit d'enlever le fond de couleur). Comment je peux m'y prendre pour que ce soit le plus propre possible et quel(s) logiciel(s) je peux ou dois utiliser.
Merci d'avance de vos réponses et excusez mes propos qui sont peut-être boiteux, je ne suis que débutant :D.