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"je compte mettre tout ce qu'il récupère dans un fichier avant de le parcourir pour chercher"
Pourquoi ne pas chercher directement la ligne que tu veux quand tu lis la page ?
De plus quitte à stocker, pourquoi le faire dans un fichier plutôt que directement dans un String ou une List ?
Ta page n'est pas très volumineuse (17 Ko), il vaut donc mieux privilégier la RAM, ça évitera de faire des allers-retours sur le disque. Sans parler du code de manipulation des fichiers qui serait plus lourd que nécessaire dans ton cas.

Exemple avec une expression régulière pour extraire les liens des balises <a></a>

import java.net.URL;
import java.util.Scanner;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;

public class Test {

    private static final Pattern HFREF_PATTERN = Pattern.compile("<a[^>]*href=\"([^\"]*)\"[^>]*>([^<]*)</a>");

    public static void main(String[] args) throws Exception {
        StringBuilder sb = new StringBuilder();

        Scanner sc = new Scanner(new URL("http://mangafox.me/").openStream());
        while (sc.hasNextLine())
            sb.append(sc.nextLine().replaceAll("\\s+", " "));
        sc.close();

        Matcher m = HFREF_PATTERN.matcher(sb);
        while (m.find())
            System.out.println(m.group(2) + "\n\t" + m.group(1));
    }
}