Perte de fichiers

Bonjours,
j'ai un énorme problème : j'ai voulu allumer mon pc sauf que un message me dis qu'il y a un problème et que le système à besoin d'être réparer. Il me propose deux solution soit réparer le système en supprimer tous le contenu du disque dure soit de réparer sans supprimer de fichier, c'est cette option que j'ai choisi. Le PC se rallume après 1/2 heure sauf que tous se que j'avais télécharger sur internet : mes jeux, libre Office, photoshop, Avast ... ont été supprimé, en tout c'est plus de 300 go de fichiers qui on disparus !!! Par chance, mes fichiers comme les photos, films et musique ont été épargner. Sur le bureau, j'ai un icône qui m'affiche tout les programmes qui ont été supprimé pour "restaurer les performances de mon ordinateur". De plus, avant je que sa n'arrive je faisais plusieurs fois par semaines des analyses de mon Pc avec Avast et Malwarebytes, et je n'avais pas détecter de menace sérieuses. Après la catastrophe j'ai fais une analyse avec Malwarebytes et j'ai pas moins de 20 menaces détecter et selon Mcafee un cheval de trois. Donc, en gros j'ai suis dans une m... monumentale à deux semaines de la rentrée !!! J'aimerai par conséquent savoir plusieurs choses :
- qu'est ce qui sait passé concrètement ?
- et comment je peut récurer mes fichiers perdu ? (si c'est encore possible )
- et comment je peut nettoyer mon ordinateur des menaces que j'ai détecter ?

Merci d'avance de vos réponses en espèrent que sa aide aussi ceux qui se trouve dans le même cas de figure que moi. Si vous avez besoin de plus d'info je me tiens à disposition.