Enregistrement de couche en couleur

Bonjour,
Je me casse la tête sur un problème depuis ce matin et je ne trouve pas la réponse, alors je me permet de vous solliciter.
A partir d'une photo en niveau de gris, j'ai crée une couche en rouge (dans option de couche de ton direct, caractéristiques de l'encre, couleur) pour faire ressortir certain élément en rouge. J'ai ensuite crée une autre couche cette fois en vert d'après une autre photo (pour faire ressortir d'autres élément). Les photos sont de taille absolument identique. J'ai ensuite dupliqué ma couche verte dans mon fichier avec la couche rouge pour les superposer. Le rendu à l'écran étant parfait pour moi.
Cependant mon gros problème est l'enregistrement. Peut importe l'option que je choisi, laisser le niveau de gris ou couleur RVB - CMJN, mon image enregistrer reste en noir et blanc! Si je prends des options multicouche ou lab par exemple comme j'ai pu voir à certain endroit, mes options d'enregistrement ne me propose pas de JPEG ou TIFF, et donc un fichier non utilisable.
J'ai forcément loupé une étape ou mal compris le principe.

Sachant qu'au départ mon but étant de transformer un niveau de gris en niveau de rouge (ou vert) avec noir=noir, mais blanc=rouge.
Merci beaucoup pour votre aide.

Petite précision, j'utilise le logiciel photoshop CS6.