Sauvegarde pour restauration sans perte d'appli

Bonjour,

Hier, j'ai voulu désimlocker mon iPhone 3GS. Pour cela, j'ai fais une sauvegarde (même deux pour être sûr) de mon iPhone sur iTunes. J'ai ensuite lancé la restauration, bref la procédure à suivre...
Seulement, j'ai tout récupérer nickel ... SAUF toutes mes applis :/
Je me suis alors rappelé qu'au moment de restaurer, iTunes m'a dit de faire attention des applications achetées seraient effacés tout ça, mais j'avais sauvegarder deux fois, donc je pensais à un avertissement en trop.

Bref, aujourd'hui, j'ai tout récupérer toutes mes appli, enfin ceux dont je me rappelais, après tout ça fera un ménage aussi, et j'ai repris les principales et si d'autres me reviennent qui me seraient utiles, je les reprendrai plus tard.

Venons en aux faits... Vous n'êtes pas sans savoir que l'iPhone 6 sortira d'ici peu, et je pense changer mon iPhone 3GS pour prendre le 6.
A ce moment là, il faudra à l'allumage de mon iPhone 6 que je le restaure à partir d'une sauvegarde sur iTunes, la sauvegarde de mon iPhone 3GS... seulement, j'ai déjà eu le souci cette fois et je ne veux pas recommencer ce travail dans 1 ou 2 mois ...

En gros, j'aimerais savoir pourquoi ma sauvegarde a t'elle réussie SAUF pour TOUTES les applis ? Pourtant les applis se sauvegardent automatiquement je crois savoir, ce n'est pas un oubli de case à cocher à priori ... enfin j'attends toutes vos hypothèses pour comprendre ...

Tout cela pour être certain que ma dernière sauvegarde de mon iPhone 3GS destinée à mon nouvel iPhone soit une réussite complète et que je puisse avoir mon iPhone 6 identique à mon iPhone 3GS (applis, musiques, photos, notes, contacts, et j'en passe, tt quoi...) pour pas avoir à refaire tout manuellement pour les applis comme aujourdh'ui...

Merci d'avance de votre aide.