Traitement d'images en masse

Bonjour à tous.

Dans le cadre d'un projet, j'ai besoin de superposer des images, de manière précise, selon des marqueurs (échelles) présents dans chaque image.

J'ai d'un côté un fond avec lesdits marqueurs, et de l'autre un ensemble de 385 images contenant elles aussi des marqueurs (pas forcément placés exactement aux mêmes endroits mais qui doivent se retrouver parfaitement superposés).

Ce que je veux faire, c'est remplacer le fond (de couleur uniforme) de chacune des 385 images par mon fond "personnalisé".

J'ai commencé à en faire quelques-unes manuellement sous Photofiltre, mais ça prend franchement trop de temps... sans compter que j'aurai certainement à le refaire dans l'avenir. J'ai tenté de programmer quelque chose sous Scilab mais je m'y suis cassé les dents...

Je cherche donc un logiciel gratuit qui me permettrait de faire cela de manière pseudo-automatique (en programmant des macros par exemple, ou en bidouillant en ligne de commande...)... Peut-on faire ce genre de chose sous Gimp par exemple (Je ne connais pas du tout Gimp mais ça a l'air assez puissant non ?)

J'espère que mes explications sont claires :-)

Merci d'avance...

Je suis sous W7, si ça a son importance.