Changement permalinks WordPress

Bonjour,

Je suis le webmaster du site http://gamerz0ne.fr et j'ai récemment changer la forme de mes permaliens passant de la forme (pour les articles) http://gamerz0ne.fr/?p=5487 à cette nouvelle forme http://gamerz0ne.fr/2013/02/03/55451021-titre-de-l-article et j'ai comme qui dirais un gros problèmes qui à fait descendre la fréquentation du site passant de plus de 200 vues par jours à moins de 20 ...

en fait les nouveaux permaliens sont tout simplement reconnus comme des erreur 404 par mon plugin "broken link checker" et par Google Webmaster Tool, il m'indique 1.748 comme nombres de liens que j'ai entré (j'ai refait un sitemap après le changement de permalink) et 39 comme nombre de liens dans l'index.

En revanche, les permaliens sur mon sites ont tous changés et lorsque vous cliquez dessus, le lien fonctionne parfaitement. Je ne comprend vraiment pas d'où vient le problème. Mes liens sont-ils morts ou non ?

Pour finir, des fois, WordPress me modifie mon .htaccess et rajoute un mod_rewrite qui là, entraine le non-fonctionnement des nouveaux permaliens des catégories et des pages (avec les permaliens des articles ça fonctionne).

Si vous savez pourquoi j'ai de tel problèmes, je vous écoute et merci d'avance.

Je ne fait pas la course aux statistiques mais j'aimrais bien revenir au niveau de vues par jour d'avant et retrouver mon plutôt bon référencement Google sur certains articles qui, maintenant, se dégrade de plus en plus vite.

J'ai PHP 5.4, Wordpress à jour (3.5.1) et ces extensions actives et à jours :
Akismet
All in One SEO Pack
Autocompleter
Broken Link Checker
Disqus Comment System
External Files Optimizer
Google XML Sitemaps
WordPress.com Jetpack
Lightbox Plus ColorBox
Maintenance Mode
Shockingly Simple Favicon
TinyMCE Advanced
Velvet Blues Update URLs
Video.js - HTML5 Video Player for WordPress
WP-DBManager
WP-PageNavi