[.exe] Suppression en masse des ".exe"

Bonjour, J'ai besoin d'aide, Il me manque pas mal de fichiers .exe sur le Pc donc je recontre pas mal de problèmes pour les réinstallations.
Je vais vous expliquer l'origine du problème (vous avez le droit de rire):
Ma copine a un vieux Compaq qu'elle a récupéré, je suis le préposé à la maintenance. J'ai du faire pas mal de trucs et dernièrement j'avais des problèmes de virus. Je me suis absenté 5j et entre tps Internet a planté,comme on était un peu faché, elle m'a pas demandé d'aide, elle a demandé a un "pote". Elle a donc suivi approximativement les "conseils", résultat elle a utilisé un style de Hijackthis et croyant bien faire elle a du cocher une bonne moitié des ".exe" qu'elle voyait, si ce n'est plus ...

J'essaie de réinstaller le max de programmes mais là je rencontre un problème avec l'installation de Windows Installer (dont j'ai besoin pour d'autres setup). Quand je lance le setup de windows installer j'ai ce message d'erreur:
"OS, ou sa version d'OS incompatible avec l'application"

Je ne comprend pas ce qu'il veut dire par là (on a qques problèmes de communications lui et moi des fois...)

Merci de bien vouloir me dire quoi faire SVP
Attention je risque de reposter souvent, je connais pas encore toutes les surprises qu'elle m'a réservé...