Problème Sous-titre Dvd décaler

Bonjour
Voilà j'ai un problème j'ai commencé à copier mes DVD en Flv afin de pouvoir les regarder sur mon Disc dur externe avec les sous-titres intégrer à la vidéo (vive la VO).
J'ai copié mes fichiers DVD avec Shrink pour ensuite les encoder avec AVS vidéo jusque-là pas de problème particulier.
D'habitude j'encode un épisode avec générique au début (sans sous-titre) épisode (avec sous-titre fr) et générique de fin (sans sous-titre) dans un seul fichier (VTS_01_1) de 1250 Mega.
Sans devoir les retravailler genre (montage coupage etc).
Mais là je suis bloqué face à un problème épineux j'ai deux épisodes qui possèdent des sous-titres pendant le générique de début et de fin, donc c'est un seul et même fichier pour l'épisode et les génériques.
D'habitude les sous-titres des génériques sont séparer des sous-titres de l'épisode donc c'été facile de les retirer avec Shrink mais la non...
Donc j'ai utilisé Shrink pour couper l'épisode en trois 1re / partie générique (sans sous-titre) 2e / partie épisode (avec sous-titre fr) et 3e / partie générique de fin (sans sous-titre).
Mais lorsque j'encode l'épisode avec AVS vidéo pour intégrer les sous-titres à la vidéo les sous-titre se trouve décalé !!!
Donc je me retrouve avec des sous-titres décaler d'au moins 1 minute 30 durant tout l'épisode qui se retrouve donc illisible avec un tel décalage.
Le décalage a l'air d'être due au fichier (VTS_01_0) qui ne prend pas en conte le retrait des génériques et donc garderait le même "temps" en mémoire (générique plus épisode) enfin je pense...
Donc ma question est la suivante :

Peut-on ouvrir ou modifier un (fichier VTS_01_0) sans avoir à extraire les sous-titres de celui-ci ???

Merci d'avance pour votre aide.

Jackquinn