Installation de packages sous fedora core ???

bonjour à tous

ceci est mon premier message ici, et je viens faire appel à vous car je suis un débutant de chez débutant sur linux.

par avance désolé si la (les) réponses à mes questions se trouvent déjà sur le forum, je suis actuellement toujours en train de chercher, mais je ne trouve pas, donc je vous pose directement la question:

je travaille habituellement sous windows xp, mais je dois et je vais de plus en plus travailler sous fedora core, la distribution de linux installée en dual boot sur mon PC du boulot.

en effet, je commence à travailler dans la bioinfo, et énormement de logiciels open source dédié à la bioinformatique ne tournent que sous linux.

mon probléme est l'installation de logiciels sous fedora core en général, et de packages en particulier.
j'ai les droits de superutilisateur (root), mais je ne sais pas où je dois placer les archives à compiler via le terminal (/usr/bin??)
comment gérer les problémes de dépendances quand je dois installer un nouveau logiciel??

je suis amené à travailler avec les packages Bioperl associés à Perl (fournis sous la forme de tar.gz), et impossible de les installer via le terminal: je ne sais pas m'y prendre.

je lit scrupuleusement les infos d'instalation des fichiers readme et install, je suis les consignes, j'arrive à les décompresser, mais l'installation des packages necessite les commandes suivantes:
>perl Makefile.PL
puis
>make (c'est à ce moment que le message "make: *** Pas de cibles spécifiées et aucun makefile n'a été trouvé. Arrêt." apparait)
puis
>makeinstall mais je n'arrive même pas jusque là...


quelqu'un pourrait m'aider svp???