Grosse infection "hard disk problem"

Bonjour,

Je suis allé sur un site on va dire pas très catholique, (absolument rien d'illégale je rassure) et mon ordi à commencé à complétement planté. Je pouvais plus rien faire, donc je l'ai rallumé et...surprise plein de message d'erreur qui s'affiche, plus de fond d'écran et un gros message du genre "hard disk problem"...

Donc je suis allé voir sur des forum et j'ai trouvé la solution au problème. C'est à dire que j'ai redémarré en mode sans échec téléchargé "Malwarebyte", "ccleaner", roguekiller, ZHPdiag, tout l'arsenal en gros. Du coup j'ai tout nettoyé, j'ai redémarré (sous seven) et plus aucun message, mon fond d'écran était de retour,etc...

Mais voila, le probléme c'est que c'est complétement le foutoir dans mes dossiers.
Quand je fais "démarrer"->"tous les programmes", tous les dossiers son vide, on dirait que tout à été réinitialisé. Dans la bibliothéque c'est pareil, je suis obligé de retourné dans C pour retrouvé mes .exe

Je voudrais donc savoir si quelqu'un avait une solution à me proposer pour remettre tout en état, et par la même occasion savoir si j'ai bien tout viré.
Demandé pour plus de détails.

Merci =)

PS: j'ai gardé les rapports de malwarebyte et de ZHPdiag mais pas celui de roguekiller malheureusement.