Traiter très gros fichier SQL avec PHP

Bonjour,
J'ai un fichier SQL sur mon serveur FTP contenant plusieurs centaines de milliers de requêtes. Ce sont les mises à jour de ma base données que je dois exécuter régulièrement. Je souhaite automatiser cette mise à jour.
Impossible de gérer requête par requête avec PHP (beaucoup trop long). Je pense à deux possibilités:

1. Soit je gère les requêtes par petits paquets. Mais dans ce cas, je ne sais pas comment recharger mon script PHP pour éviter l'arrêt de l'exécution au bout de 30 secondes. Avez-vous une idée ?

2. Soit, ce serait encore plus simple mais je ne sais pas si c'est possible, j'envoie via PHP une commande à la base SQL pour lui demander d'exécuter tous le fichier (plusieurs giga). Est-ce possible ? Si oui comment ?

Merci d'avance pour votre aide