Un problème de vitesse ! Un Virus ?

Bonjour,

Voilà je vous explique mon problème.
J'utilise un netbook et tout aller très bien, il tournait vite et j'avais aucun soucis. Mais il y a quelques jours mon anti-virus (Avira) m'a signalé un Cheval de Troie. D'ailleurs avant qu'il me le signalise mon ordinateur c'était éteind tout seul. En le rallumant j'ai reçu l'alerte. Je l'ai supprimer à partir de l'anti-virus mais en vain il ne l'a pas supprimer. J'ai remarquer un fichier sur le bureau que je n'avais pas avant "Malware Protection" si j'ai bonne mémoire (un raccourci).
J'ai donc rechercher la cible du fichier, je l'ai supprimer vider la corbeille et voilà. Sauf que mon antivirus m'alertais encore toute les 5-10 minutes pour des fichiers se créant dans C:\WINDOWS\Temp si je me souviens bien. J'ai donc couper internet et je les ai supprimer manuellement tout comme le fichier "Malware Protection". Depuis mon antivirus ne m'alerte plus.

Voilà mon problème et je pense que ça à un lien avec ce que j'ai écrit si dessus.
Lorsque j'avais ce virus, mon ordinateur ralentissait énormement au bout d'un moment (genre 25 min après l'avoir allumé) , je ne pouvais plus rien faire il allait au ralentit.
Et maintenant j'ai toujours ce problème ! Mon ordinateur devient très lent au bout 30 min environs, je suis obligé de l'éteindre et de le rallumer pour qu'il soit nickel.

Est-ce lié ? Quel est mon problème ?

Eclairez-moi je n'ai jamais eu ce problème auparavant... !