Installateur modificateur d'archive .jar

Merci mais je ne suis pas très calé coté programmation... Il me faudrait un logiciel a qui j'indique que je veux ajouter un fichier dans une archive et qu'il me fasse un installateur qui fait ça.

Je ne vois pas trop ce que tu veux dire par "installateur"
Mais si tu ne t'y connais pas en programmation le mieux est encore de le faire manuellement.
Le plus simple étant donc de (dé/re)compresser ton fichier jar.
1) Renommer ton fichier .jar en .zip
2) Décompresser le fichier .zip
3) Faire tes manipulations de fichier
4) Compresser au format .zip
5) Renommer le fichier .zip en .jar

En fait je voudrais faire un .exe qui ajoute des fichier dans un .jar pour que les gens n'aient pas à le faire manuellement.

Un .exe ? Avec quel langage de programmation ? Pourquoi pas directement un autre jar, ce serait plus logique que le Java traite du Java, d'autant que la librairie Java sait nativement manipuler les Zip.
Mais qu'est-ce que tu veux y mettre/enlever dans ton fichier .jar ? Parce que si les gens ajoutent ou enlèvent les classes qu'ils veulent, le programme Java pourrait ne plus fonctionner correctement, et rendre le fichier .jar inutilisable. À quoi cela servirait-il vraiment ?

En fait je veux faire un installateur pour mod dans minecraft. Il doit suprimmer le dossier META-INF (si ce n'est pas déja fait) et y mettre les fichiers pour le mod.