Problème en C pour une fonction sur un texte

Bonjour,

Je dois rendre un projet en langage C ou je dois trouver tous les anagrammes entre deux textes différents.

J'ai réaliser une bonne partie du programme sur un seul texte, c'est alors que je me suis aperçu que ma fonction servant à mettre le texte en minuscule et à enlever la ponctuation
ne marchait que sur un des deux textes :

voici mon code :

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>

char sansPonctuationEtMajuscule(char caractere);

int main(int argc, char * argv[])
{

FILE* fichier1 = NULL;


typedef struct
{
char mot[30];

}stockage;

stockage tableau1[1500];
stockage tableau2[9000];

char caractere = 0;

int i;
int j;

fichier1 = fopen("text1.txt", "r+");

if (fichier1 != NULL)
{
caractere = fgetc(fichier1);

for(i = 0; caractere != EOF; i++)
{
while (!isalpha(caractere)) caractere = fgetc(fichier1) ;
fseek (fichier1, -1, SEEK_CUR) ;
for(j = 0; caractere != ' ' && caractere != EOF ; j++)
{

caractere = sansPonctuationEtMajuscule(caractere = fgetc(fichier1)); //Texte en minuscule, on déplace le cursseur au caractére suivant.

tableau1[i].mot[j] = caractere; //On extrait les mots du fichier1 dans le tableau.

printf("%c",caractere) ;
}
tableau1[i].mot[j+1] = '\0' ;
caractere = fgetc (fichier1) ;
}
fclose(fichier1);
}
printf ("\n\n%s", tableau1[45].mot) ;

printf("\n");

system("Pause");
return 0;
}

char sansPonctuationEtMajuscule (char caractere)
{
if ( caractere >= 'A' && caractere <= 'Z') //Permer de passer des majuscule en minuscule.
{
caractere = caractere+32;
}

if (!isalpha(caractere)) //Enleve la ponctuation.
{
caractere = ' ';
}
return caractere;
}

Fin du code
Ce code marche un des 2 fichiers textes , pourriez résoudre mon problème,
Merci d'avance :)