[server LAMP] permission et CHMOD

Bonjour,

j'ai un problème de permission depuis ma réinstallation de mon serveur LAMP.
Des sites ne s'affiche plus (erreur 403) ou page blanche.
Lamp est bien configuré, je pense.

Avant même, de procéder à des améliorations, en mettant des dossiers dans var/www, des
sites ne fonctionnent pas correctement.
Par exemple, un lecteur (en teste, et fonctionant très bien) ne répond pas comme prévu, sur une
de mes pages...

Voilà le message que j'ai avec la commande ls -l

root.....    :~$ ls -l /var/www/P1/radio/    
total 32    
drwsr-sr-x 2 thomas-d thomas-d 4096 2011-04-15 10:39 css    
drwsr-sr-x 2 thomas-d thomas-d 4096 2011-05-26 14:30 inc    
-rwxr-xr-x 1 thomas-d thomas-d 4254 2011-06-04 15:46 index.php    
drwsr-sr-x 3 thomas-d thomas-d 4096 2011-04-08 15:42 js    
drwsr-sr-x 2 thomas-d thomas-d 4096 2011-06-04 14:52 lecteur    
drwsr-sr-x 2 thomas-d thomas-d 4096 2011-04-19 15:26 Notes    
drwsr-sr-x 2 thomas-d thomas-d 4096 2011-05-24 20:36 room    

J'ai fais des tentatives avec chmod. mais au final, rien d'interressant.

Je souhaiterais avoir -rwxr-xr-x comme pour le index .php, pour les autres
fichiers et répertoires.

Autre chose pour va/www/, avec ls -l:

root......   :/var# ls -l www/    
total 32    
-rwxr-xr-x 1 root root  177 .... index.html    
drwxr-xr-x 2 root root 4096 .... lecteur    
drwxr-xr-x 5 root root 4096 .... p01    
drwsr-sr-x 3 root root 4096 ..... P1    
drwsrwsr-x 7 root root ... S1    
drwxr-xr-x 8 root root 4096 ..... S2    
drwxr-xr-x 7 root root 4096 ..... S3    
drwxr-xr-x 7 root root 4096 ..... S4    

Je ne comprends pas le sens du "s" dans le résultat obtenu, ni comment il peut prendre la place qu'il a.

Comment je peux donner des permissions correcte à ces répertoires, avec le permissions
par defaut de Ubuntu ?

Comment utiliser la commande chmod ?

Merci a tous!
a+,
Tom