Bureau supprimé

Bonjour,

Je me trouve dans une situation étrange à laquelle je n'avais jamais été confronté avant, je vous explique le contexte:

Ce matin je démarre mon PC comme d'habitude, aucun problème, je mets quelques documents sur ma clef USB et part à la fac. En revenant j'allume mon ordinateur et durant la phase de démarrage j'ai un message qui me dit "préparation du bureau".
Mon compte s'ouvre et je découvre que:
-Mon bureau a été partiellement effacé, il ne reste que 6 raccourcis sur les 20 originaux, le fond d'écran est celui par défaut, les effets visuels d'Aero sont ceux par défaut.
-Le dossier mes documents est vide (Il se trouve cependant toujours dans C:/Users)
-L'intégralité de mes favoris internet ont disparus, mon navigateur par défaut est de nouveau internet explorer.
-Plus aucun processus n'est actif dans la barre des tâches (Msn, antivirus, gestionnaires de cartes graphiques etc...) mais en activant le gestionnaire des tâches je peux voir que mon antivirus est actif

Bref c'est comme si mon système avait été partiellement restauré sauf que tous les documents sont toujours présents sur le disque dur.
J'ai tenté une restauration système mais le problème persiste. Je suis vraiment confus, j'ai passé pas mal de temps à customiser mon ordinateur selon mes besoins et j'aimerais savoir si il y a une solution m'évitant de tout recommencer.

Je ne sais pas si cela est pertinent mais windows a fait une mise à jour lorsque j'ai allumé mon ordinateur pour la première fois aujourd'hui, avant que le problème ne se produise.

Merci de vos réponses.