Flv vers mp4 avec bonne qualité ??

Bonjour,
voilà, j'ai toujours télécharger des vidéos youtube avec downloadhelper en .flv, mais comme je viens d'avoir un ipod j'aimerais les convertir en .mp4.
j'ai SUPER, logiciel de conversion mais je ne sais pas bien m'en servir =s
soit la qualité est mauvaise soit la vidéo est trop lourde !
avez vous un logiciel gratuit ou pouvez m'expliquer comment utiliser SUPER, afin de convertir mes video en .mp4 de bonne qualité et pas trop lourd ?
Merci beaucoup.