Formater, pour un amateur.

Bonjour,
il faut tout d'abords savoir que je suis un amateur question ordinateur donc mes notions sont limités.
Il y a un peu plus d'un an que j'ai acheté un ordinateur portable, qui est un Sony VAIO VGN-NR11Z/S, aujourd'hui j'aimerais le formater pour le rendre aussi performant qu'au départ. Mais je ne sais vraiment pas comment m'y prendre. Je pensais tout d'abords déplacer mes documents personnels dans un disque dure externe mais la suite m'échappe.
J'ai un autre problème qui est le surchauffe de mon ordinateur. Le dessous de mon PC est extrêmement brulant, j'ai l'impression que c'est la ventilation du système qui ne suffit plus. Il y a des périodes où il fonctionne normalement et d'autre où c'est comme si il fonctionnait au ralentit, et à ce moment la, impossible de faire quelques manipulations qu'il soit. Je dois donc retourner mon ordinateur pour l'aérer ...

Quel précaution prendre pour éviter d'abimer le système ? Après le formatage, mes logiciels (exemple:windows media player ou java) seront-ils toujours présent ? ...

Merci pour votre aide. =)