Gestion de fichiers

Bonjour,
Je sauvegarde les fichiers de mon pc dans un disque dur externe.
Bien sûr, la 1ère sauvegarde était la plus facile pour moi, il n’y avait qu’à "copier-coller".
Maintenant, les choses se compliquent un peu plus puisque pour certains dossiers du pc, certains fichiers n’existent plus que sur le disque dur externe. Je ne pourrais plus faire de copies de dossiers au risque de faire supprimer des fichiers du disque dur externe qui ne sont plus dans le pc…

Merci de m’indiquer un logiciel gratuit et libre qui pourrait m’aider à gérer de manière exhaustive les fichiers des deux disques durs, pc et disque dur externe.

A très bientôt.