Extraire et convertir python3

Bonjour,

mon_fichier.txt

ATOM      1  N   VAL A   1    
ATOM      2  CA  VAL A   1    
SEQRS      7  CG2 VAL A   1   
ATOM      8  N   LEU A   2      
ATOM      9  CA  LEU A   2    
SEQRS     10  C   LEU A   2    
ATOM     15  CD2 LEU A   2 
ATOM     17  CA  SER A   3  
SEQRS     18  C   SER A   3  

J'aimerai créer une fonction qui lit mon_fichier.txt puis qui n'extraire que les lignes où il y a écrit atom dans la première colonne et ca en troisième colonne. Puis quan c'est écrit VAL (colonne 4), convertir en V et quand c'est écrit LEU (colonne 4) convertir en L et SER (colonne 4) et S, si possible. Puis renvoyé le tous dans une chaine telle qu'il y aurait écrit 'VLS'

Si quelqu'un a une idée ?? Merci beeaucoup !