Suppression de ligne dans fichier selon pattern dans colonne précise

Bonjour,

Après de nombreuses recherches et essais, je me retourne vers vous.

Je souhaiterai supprimer les ligne de mon fichier qui contiennent le caractère . dans la colonne 3.

Voici à quoi ressemble mon fichier :

1    899634    rs114053887    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:899634:899634 0/1:T=6,C=21:0:27:heterozygous    0/0:C=46:0:46:homozygous   
1    900285    rs4970435    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:900285:9002851/1:T=22:0:22:homozygous    1/1:T=3:3:3:homozygous  
1    900382    .    C    .    .    .    BIOMART_COORDS=1:900382:900382;GENE=ENSG00000187961 0/0:C=76:0:76:homozygous    0/0:C=81:0:81:homozygous    0/0:C=63:0:63:homozygous    0/0:C=56:0:56:homozygous    0/0:C=91:0:91:homozygous
1    900286    rs4970434    A    G    .    .    BIOMART_COORDS=1:900286:900286 1/1:G=49:0:49:homozygous    0/1:A=7,G=22:0:29:heterozygous    1/1:G=22:0:22:homozygous    1/1:G=3:3:3:homozygous    1/1:G=24:0:24:homozygous    

Ainsi, si la ligne contient dans la troisième colonne un rs, on ne touche à rien mais si la ligne contient un . dans la troisième colonne, alors on la supprime pour au final avoir un fichier de la forme :

1    899634    rs114053887    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:899634:899634 0/1:T=6,C=21:0:27:heterozygous    0/0:C=46:0:46:homozygous   
1    900285    rs4970435    C    T    .    .    BIOMART_COORDS=1:900285:9002851/1:T=22:0:22:homozygous    1/1:T=3:3:3:homozygous  
1    900286    rs4970434    A    G    .    .    BIOMART_COORDS=1:900286:900286 1/1:G=49:0:49:homozygous    0/1:A=7,G=22:0:29:heterozygous    1/1:G=22:0:22:homozygous    1/1:G=3:3:3:homozygous    1/1:G=24:0:24:homozygous  

Donc au final je souhaite supprimer toutes les lignes avec . dans la troisième colonne.

voilà ce que j'ai entre autre essayé :

while read line
do
 echo -e "$line"
 a=$(awk -F \t '$3 ~ /\./' GQPDOMB_verifie.vcf | awk '{print $3}')  
 
 if test -n "$a"    
 then 
  sed '$a d' GQPDOMB_verifie.vcf
  echo "ok "
 fi
done < GQPDOMB_verifie.vcf

Merci d'avance

EDIT :

avec les ligne suivantes, j'ai réussi à récupérer les ligne qui correspondent à ma condition mais je n'arrive pas à les supprimer par la suite :

cat GQPDOMB_verifie.vcf | cut -d$'\t' -f3 | grep -n "\." >nb_ligne.txt

Supprimer les ligne de 1 à 63 :

sed '1,63d' nb_ligne.txt >nb_ligne_sans_entete.txt

Récupérer le premier champ avec : pour délimiteur

cut -d ":" -f 1 nb_ligne_sans_entete.txt >ligne.txt

Ensuite je pense qu'il faudrait un script comme celui qui suit mais il ne fait pas ce que je veux :

while read line
 
do
 
sed -n "$line p" GQPDOMB_verifie.vcf
 
done < ligne.txt