Problème en voulant changer Windows de disque dur

Bonjour,
Je viens d'essayer de transférer le contenu de mon disque dur contenant windows (x32) sur un autre, plus grand et en 64bits, à l'aide d'un logiciel dédié.
Je voulais donc transférer mon système d'exploitation depuis le disque (C:) de 300Go Vers le (Z:) de 1To.
Mais une fois, l'opération faite, je me suis simplement retrouvé avec trois partitions :
- La première, le disque (C:) avec toujours windows dessus et tous les fichiers
- La deuxième, le disque (Z:) devenu entre-temps (E:), qui contient une copie du disque (C:) !
- La troisième, de 99Mo, appelée "réservée au système (D:)"
Plus embêtant encore la taille du disque de 1To est passée à 300 Go, comme l'autre, et beaucoup de fonctionnalités ne marchent plus : gestionnaire de taches, reinitialisation du PC, gestion du disque... Je n'ai plus accès non plus à mes bibliothèques (documents, images...)

Dans l'attente de vos réponses,
Cordialement.