traitement de fichier

Question

bonjour tous le monde 
j'ai un fichier.txt qui contien mes sequence d'ADN , je voudrais faire un programme en perl pour me traiter les séquences dans mon fichier mais j'arrive bien à ouvrir le fichir en mode lecture , ce que je veux c'est comment déclarer ma variable qui contient 1000 séquences puis manipuler chaque sequence , merci d'avance

[Dal] · Answer

Salut abdou3058,

Le mieux c'est que tu donnes un exemple de ce que contient le fichier et de ce que tu veux en faire, et que tu montres le code de ce que tu as déjà fait.


Dal

abdou3058 · Answer

bonsoir ; je voudrai en faite faire une table de hash entre la premiere et la derniere colonne , pour ensuite classer les valeurs de derniere colonne par ordre décroissant et prendre les 5 meilleurs résultats et à la fin afficher les 5 lignes correspondantes aux meilleurs valeurs de score (la derniere colonne ) 





clone1_deb	chu:CHU_0158	71.16	267	77	0	2	802	545	811	5e-108	 392
clone1_deb	chu:CHU_0158	100.00	10	0	0	810	839	821	830	5e-108	24.3
clone1_deb	chu:CHU_0158	32.76	116	71	1	221	547	18	133	1e-09	66.6
clone1_deb	chu:CHU_0158	40.74	54	31	1	8	166	888	941	2e-04	49.7
clone1_deb	bth:BT_0578	69.06	265	82	0	8	802	546	810	2e-101	 372
clone1_deb	bth:BT_0578	33.94	109	65	2	224	529	12	120	3e-08	62.4
clone1_deb	bth:BT_0578	40.91	44	26	0	8	139	887	930	0.003	45.4
clone1_deb	bth:BT_0578	35.00	40	26	0	671	790	411	450	2.0	36.2
clone1_deb	bfs:BF2634	68.68	265	83	0	8	802	541	805	6e-100	 366
clone1_deb	bfs:BF2634	33.94	109	65	2	224	529	7	115	3e-08	62.4
clone1_deb	bfs:BF2634	38.33	60	36	1	8	184	882	941	9e-04	47.4

[Dal] · Answer

Salut

Sur la base du jeu de données que tu indiques dans ton message, voilà comment créer en Perl un hash de arrays bidimensionnels, contenant en clef un identifiant tiré de tes "premières colonnes", et en valeurs le nombre en dernière colonne sur lequel tu veux trier par clef et la ligne complète de sorte à pouvoir l'afficher.

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use List::Util qw[min];

my %hash;

# fabriquer le hash de arrays
while (my $st = <DATA>) {
    chomp $st;
    if ($st =~ m/.*:([^\s]+).* (\d+)/) {
        print "données capturées : $1 - $2\n";
        push ( @{ $hash {$1} }, [$2, $st]);
    } else {
        print "Erreur: format incorrect à la ligne\n$st\n";
    }
}

# pour chaque clef, déterminer les $n valeurs du tableau
# les plus grandes
my $n = 5;
foreach my $key (keys %hash) {
    my $nb = scalar @{ $hash {$key} };
    print "le tableau sous la clef $key contient $nb valeurs\n";
    print "les $n lignes ayant les plus grandes valeurs sont :\n";
    my @sorted = reverse sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @{ $hash {$key} };
    foreach my $st (@sorted[0..(min($n,$nb)-1)]) {
        print "$st->[1]\n";
    }
}

__DATA__
clone1_deb chu:CHU_0158 100.00 10 0 0 810 839 821 830 5e-108 24.3
clone1_deb bth:BT_0578 33.94 109 65 2 224 529 12 120 3e-08 62.4
clone1_deb chu:CHU_0158 71.16 267 77 0 2 802 545 811 5e-108 392
clone1_deb chu:CHU_0158 40.74 54 31 1 8 166 888 941 2e-04 49.7
clone1_deb chu:CHU_0158 32.76 116 71 1 221 547 18 133 1e-09 66.6
clone1_deb bfs:BF2634 33.94 109 65 2 224 529 7 115 3e-08 62.4
clone1_deb bth:BT_0578 69.06 265 82 0 8 802 546 810 2e-101 372
clone1_deb bth:BT_0578 35.00 40 26 0 671 790 411 450 2.0 36.2
clone1_deb bth:BT_0578 40.91 44 26 0 8 139 887 930 0.003 45.4
clone1_deb bfs:BF2634 38.33 60 36 1 8 184 882 941 9e-04 47.4
clone1_deb bfs:BF2634 68.68 265 83 0 8 802 541 805 6e-100 366

cela donne :

$ ./abdou3058.pl 
données capturées : CHU_0158 - 24
données capturées : BT_0578 - 62
données capturées : CHU_0158 - 392
données capturées : CHU_0158 - 49
données capturées : CHU_0158 - 66
données capturées : BF2634 - 62
données capturées : BT_0578 - 372
données capturées : BT_0578 - 36
données capturées : BT_0578 - 45
données capturées : BF2634 - 47
données capturées : BF2634 - 366
le tableau sous la clef CHU_0158 contient 4 valeurs
les 5 lignes ayant les plus grandes valeurs sont :
clone1_deb chu:CHU_0158 71.16 267 77 0 2 802 545 811 5e-108 392
clone1_deb chu:CHU_0158 32.76 116 71 1 221 547 18 133 1e-09 66.6
clone1_deb chu:CHU_0158 40.74 54 31 1 8 166 888 941 2e-04 49.7
clone1_deb chu:CHU_0158 100.00 10 0 0 810 839 821 830 5e-108 24.3
le tableau sous la clef BF2634 contient 3 valeurs
les 5 lignes ayant les plus grandes valeurs sont :
clone1_deb bfs:BF2634 68.68 265 83 0 8 802 541 805 6e-100 366
clone1_deb bfs:BF2634 33.94 109 65 2 224 529 7 115 3e-08 62.4
clone1_deb bfs:BF2634 38.33 60 36 1 8 184 882 941 9e-04 47.4
le tableau sous la clef BT_0578 contient 4 valeurs
les 5 lignes ayant les plus grandes valeurs sont :
clone1_deb bth:BT_0578 69.06 265 82 0 8 802 546 810 2e-101 372
clone1_deb bth:BT_0578 33.94 109 65 2 224 529 12 120 3e-08 62.4
clone1_deb bth:BT_0578 40.91 44 26 0 8 139 887 930 0.003 45.4
clone1_deb bth:BT_0578 35.00 40 26 0 671 790 411 450 2.0 36.2

(comme indiqué précédemment, sur ce test, ton jeu de données comporte moins de 5 lignes par catégorie)

L'expressivité et la puissance de Perl permettent de faire cela en une 20aine de lignes.

Tu peux potasser perldoc si tu ne comprends pas tout.

et notamment https://perldoc.perl.org/perldsc#Declaration-of-a-HASH-OF-ARRAYS et https://perldoc.perl.org/perlretut sur les expressions rationnelles.

Si tu as des questions sur ce code après avoir compulsé la doc, exprime toi :-)

Dal

abdou3058 · Answer

merci beaucoup de votre aide
ca a fonctionné parfaitement votre code 
mon ordi a arreté de fonctionné j'ai pas pu l'essayé avant 
j'ai une autre question par apport à un autre jeux de donnée je vais la poster dans le forum 
bonne soirée merci ,

abdou3058 · Answer

bonjour 
ah ouii j'ai bien compris l'exemple et le code et ca a marché je me rappelle plus de ce que j'ai fait exactement j'ai pas suivi tous les détail du code mais ca m'as donnée une idées pour commencé c'est juste que j'ai perdu le code ds l'ordinateur qui a arreté de fonctionner , là j'ai un autre jeu de donnée j'ai lancé une question dans le site 
merci pour votre aide , merci infiniment

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