Suppression de dossier qui mène à un dysfonctionnement

Bonjour à tous,

Alors voila hier je faisait un nettoyage de mon ordinateur avec CCleaner et j'allais trifouiller dans les dossier des programmes pour voir ceux dont je ne me servais pas pour les supprimer et gagner de la place sur le DD de mon PC (21go). D'un seul coup j'ai vu apparaître un disque local sorti de nul part (il a disparus aujourd'hui) et je ne pouvais pas l'ouvrir mais jusque la rien d'alarmant.
Ensuite je commence donc à ouvrir le dossier utilisateur pour supprimer quelques donnée dans mon compte mais j'ai remarqué qu'un peu partout j'avais des dossier "fantômes" (avec une couleur un peu transparente) qui étaient apparus de nulle part. Ne sachant pas ce que c'était et comme ils n'étaient pas la avant j'en ai supprimé un qui était trop volumineux pour ma corbeille.
Et c'est la que j'ai du faire n'importe quoi car en voulant cliquer sur google dans la barre d'accès rapide il me signale que l'emplacement à changé ou que le ficher n'existe plus donc je l'ai retiré et remis avec un raccourci mais il m'a fait la même chose pour le dossier qui nous ouvre "ce PC" et la impossible de le remettre en place.
De plus beaucoup d'items on disparus du menu démarrer (windows 8).
J'ai tout de même essayé de récupérer les fichiers avec Recuva mais ça n'a pas réglé le problème.

Auriez vous une solution ou bien dois je faire avec ?

Merci d'avance :)