Accession à Préférences Système + applications inaccessibles

Bonjour,

Mon ordi : MacBookPro (15") avec Snow Leopard (ancêtre?!)
Protégé par Intego

Les infos dont je dispose (copié/collé) :

Vue d’ensemble du logiciel système :

Version du système : Mac OS X 10.6.8 (10K549)
Version du noyau : Darwin 10.8.0
Volume de démarrage : Macintosh HD
Mode de démarrage : Normal
Nom de l’ordinateur : MacBook Pro de ---
Nom de l’utilisateur : ---
Mémoire virtuelle sécurisée : activée
Noyau et extensions 64 bits : Non
Temps depuis le démarrage :

Problème:

Après une maintenance avec OnyX et Maintenance, ce que je fais périodiquement sans problèmes d'habitude :

- j'ouvre le menu Pomme mais je n'ouvre plus Préférences Système ni Préférences du Dock.
- Dans le Dock certaines applications sont remplacées par un point d'interrogation.
- Celles-ci se retrouvent, je sais plus où, affublées de l'extension <--- .prefPane> et ne s'ouvrent pas.
- idem pour quelques fichiers; certains fichiers ont disparu ou ne s'ouvrent pas non plus. (Rien d'important mais pas normal quoi!)
- Le navigateur Safari n'est plus dans le Dock mais reste accessible et utilisable dans<Applications>. idem OnyX et peut-être d'autres, j'ai pas tout vérifié.

J'ai donc toujours accès à internet, le Web, et à ma messagerie via Safari.

(les installateurs qui m'ont servi pour les appli téléchargées sont conservées)

Liste des appli qui ont été sucrées avec extension prefPane pour certaines (prefPane: qu'est-ce que c'est?) :

OnyX (dans Application Ok)
Calculette (pas retrouvé!)
Textedit (pas retrouvé!)
Aperçu (pas retrouvé!)
Capture (pas retrouvé!)
FireFox, et Google Chrome, carrément !!!
Transfert d'images (pas retrouvé!)
VLC (pas retrouvé!)
et peut-être d'autres...

Tous très utiles

Quand même!

Ai-je fais une mauvaise manip? Ai-je coché dans OnyX ou l'autre une option que j'aurais pas dû? Snow Leopard est-t-il devenu obsolète au point de déconner?
(j'avoue que je n'ai pas fais les m.a.j qui m'auraient permis d'évoluer mon système)

à ce propos, autre question : comment dois-je procéder pour installer un système actualisé : installation progressive, chronologique, par dessus? ou passer directement à l'étape EL Capitain? Les prendre dans Apple.com ou Apple.store?

Excusez-moi d'être un peu long, mais plus on donne de précisions, mieux ça vaut pour tout le monde non?

Dans l'attente de vos réponses, merci de me conseiller et de m'éclairer.