Impossible de démarrer Windows 7 après copié/collé depuis Linux

Bonjour,

J'ai monté mon ordi et il tourne depuis près d'un an sans aucun problème.


Mise en situation :
J'ai un DDE de 2To qui ne pouvait plus être lue sous Windows (formater le disque avant utilisation ...).
Bref je monte donc un live usb linux pour aller récupérer des données, tous se passent bien je fais la copie de mon dde vers mon hdd, je repars sous Windows et continu ma vie.
Le lendemain je me décide à récupérer toutes les données de mon dde en les copiant sur mon hdd pour pouvoir formater le dde puis refaire l'opération inverse. (Donc retour sur le live usb linux)
Après avoir copié plus d'1 To je décide d'annuler la copie pour repartir sous Windows, et continuer plus tard. Donc j'éteins normalement linux et attends le redémarrage...

Début des complications, cas 1 :
Impossible de démarrer, voilà les étapes que je vois:
1 - Le premier écran de démarrage ASUS charge. On me dit que si j'appuis sur <del> je peux accéder au BIOS (ce qui ne marche pas)
2 - Il y a un deuxième écran pour le Marvell controller, qui dit que le ssd n'est pas configuré et me demande d'appuyer sur ctrl+M pour entrer dans le BIOS (ça ne marche pas) ou espace pour continuer
3 - Un troisième écran apparaît qui est en faite le premier avec le logo Asus. Plus rien ne se passe j'ai beau appuyer sur <del> le BIOS n'arrive pas... La carte mère indique le Qcode 06 ( "microcode loading" )

cas 2:
Quand je débranche le hdd , le démarrage va un peu plus loin:
1 - Le premier écran de démarrage ASUS charge. J'ai accès au BIOS si j'appuis sur <del>
2 - Le même point 2 que précédemment
3 - Un troisième écran apparaît avec: "Reboot an Select a proper Boot device". La carte mère indique le Qcode AE ( "Legacy boot event" )

Ce que j'ai fait pour essayer de régler le problème:
* Déconnecter tous les USB
* Vérifier l'ordre du BOOT
* Utiliser le menu F8 d'Asus pour BOOT directement sur le SSD
* Faire un CLR_CMOS
* Utiliser l'outil pour réparer le démarrage du système avec le DVD Windows (mon OS n'est pas dans la liste, et aucun point de restauration disponible)
* Essayer de réinstaller les driver avec le dvd Windows (mais impossible à faire: "The specified location does not containe information about your hardware" alors que j'utilisais le DVD de ma CM)
* Essayer de BOOT avec le minimum (le cpu, une seule ram, juste le ssd)

Le plus étonnant est qu'avec le live usb je peux démarrer sous linux dans le cas 2, mais je reste bloqué dans le cas 1 au troisième écran également.
Quand je suis sous linux j'ai bien accès au ssd et je ne vois aucuns problèmes apparent.

Je pense qu'un formatage réglerait le problème, mais j'aimerais ne pas arriver à cette extrémité si possible.

Je suis un peu bloqué maintenant, et je ne sais vraiment pas quoi faire. Es ce que quelqu'un pourrait m'aider ?

Merci d'avance !