Fichier config/system endommagé

Bonjour tout le monde!
Voila mon (gros) probleme : mon Windows 2000 pro ne démarre plus, j'ai un début de démarrage, puis un écran noir. En choisissant le mode sans echec avec la console, j'ai ce message : /winnt/system32/config/system est manquant ou endommagé
Le soucis, c'est que j'ai déja eu ce probleme. Un ami m'a réparé ma machine et m'a dit que j'étais sûrement victime d'un crasheur (des fichiers suspects étaient dans mon dossier system32). Ca s'est fini par un formatage. Et revoila le probleme qui recommence !! Mon pc n'a pas été connecté au net depuis le formatage. C'est revenu après avoir branché mon disque dur externe, je soupçonne donc que le soucis vient de lui... Que faire? Si mon disque externe est vérolé, comment trouvé le fichier qui bousille mon systeme ? Et est-ce bien un virus?
Merci de m'aider, je risque de perdre beaucoup de boulot, mes mails, etc... et je n'ai jamais eu ce probleme, je ne vois vraiment pas quoi faire !!