Script pour faire ressortir les fichiers dif.

Bonjour,

J'ai un dossier, avec des sous-dossiers, et beaucoup de fichier dans chacun de ces sous-dossiers

J'ai un autre dossier, avec également des sous-dossiers et aussi beaucoup de fichiers

J'aimerai savoir si c'est possible de lancer un logiciel ou un script qui ferait ressortir ou copierai dans un 3ème dossier, tous les fichiers qui se trouve dans le premier dossier, et qui ne se trouve pas dans le 2ème dossier
Tout en gardant le sous-dossier pour savoir d'où le fichier vient

merci