Un virus dans mon programme de transfert FTP

Bonjour à tous,

Je viens de recevoir un mail de mon hébergeur me disant que mes sites étaient infectés par un virus grâce à la technique "Drive-By-Download" et que c'était probablement une vérole sur mon ordinateur. Tout passerait par mon client FTP : cuteftp pro de Globalscape (version achetée et en règle, je précise).
J'ai passé anti-virus (biteDefender 2010), anti-trojan, anti-malware... et bref, je n'ai rien trouvé du tout à part quelques spyware dits "faibles" dans les cookies.
Ma question est : où chercher ? Que chercher ?
J'ai Hijackthis, je peux poster un rapport.
Je veux bien de l'aide.
Merci d'avance.