Trojan.malscript.B. sur mon site

Bonjour,
j'ai un virus sur mon site qui revient sans cesse,
la société qui a développé le site me dit l'avoir supprimé mais visiblement soit il ne l'a pas fait, soit mal fait car le virus est toujours là!!
comment le supprimer defintivement en urgence?
j'ai acces au ftp, mais je crains de faire une boulette si je lance un scan antivirus dedans, d'autant que le site a été realisé par un developpeur professionnel, le site est en flash,
qui peut m'aider, merci c'est urgent.