Différence entre Windows et Linux

Bonjour, dans le cadre de mon stage de 1ère année de BTS, on m'a confié la tâche de mettre en place un serveur (bien entendu avec l'aide de l'administrateur réseau). Je voudrais savoir quelles sont les différences entre Windows et Linux pour mettre en place un serveur sachant que je ne connais pas vraiment l'univers de Linux donc ce serait peut etre plus compliqué pour moi de proposer à mon maitre de stage de choisir Linux alors que je n'y connais pas grand chose.
Je dois lui proposer une étude en terme de coût et de difficultés de mise en oeuvre sachant qu'il m'aidera mais qu'il souhaite que je réalise ceci avec le plus d'autonomie possible, donc si je choisis Linux, il faudrait que je sache configurer le serveur tout seul.
Il faut aussi savoir que l'entreprise pourrait acheter les licences nécessaires à la mise en place de ce serveur mais que si je pouvais faire cela gratuitement, il ne s'en plaindrait pas.
Merci d'avance pour vos réponses.