Conflit 2000/linux ?

g une debian qui boot a partir du dur avec lilo et non d'une disquette.
g un 2000 qui est complétement HS (vidage de pile des le debut), je voudrais savoir si je refais l'install de 2000 si il va refaire le MBR sans prendre encompte linux et donc rendre le boot sur linux impossible ?
est-ce que a ce moment-la une reparation du 2000 ne serait pas préférable ?et autre question, si je formate la première partition ou se trouve le 2000, ce même MBR sera-t-il aussi effacé ?