Protectionsite internet

je veux utilisé mon serveur win2000 pour l'utilisé comme serveur web (iis) pour ma petite société, mais pour des raisons de sécurité je veux controler l'accés à une partie du site web (partage de dossier via FTP).
Le site n'aura pas beaucoup d'utilisateur.

que me conseillez vous pour faire au plus simple et le mieux securisé