Structure d un site internet

Bonjour,
désolé mon titre est un peu confus mais je le suis aussi.
alors voilà je demande de l'aide car j'ai fait un site de petites annonces, et je ne sais pas comment organiser mon code composant le site.
actuellement, tout le développement est contenu dans les pages web composant ce site (javascript, php et html)
Mais je voudrais tout séparer.(faire un semblant de prog objet afin que mon site soit facilement maintenable par une tierce personne)
je m explique :
j appelle l objet de l annonce "entité" (par exemple une voiture)
les infos concernant cette entité sont contenues dans une base de données

je pense à
une classe "entité" qui va me servir à créer une entité
une classe entité's' qui va me servir à recuperer les infos dans ma base de données et construire un conteneur d entites suivant les parametres saisis par l utilisateur du site.
un fichier fonctions.php qui contiendra les fonctions nécessaires à la construction du site (le code est généré en fonction des résultats des requetes sur la base de données)
un fichier .js qui contiendra les fonctions javascript nécessaires au fonctionnement du site
des fichiers .php qui représentent les pages du site et d ou j appelle mes fonctions php et javascript

je me pose des questions sur le fichier fonctions.php
est ce que les fonctions contenues dans ce fichier ne pourraient pas l'être dans mon fichier entites.php (comme par exemple la fonction afficheEntites(array d'entites)
je n aurai donc plus entites.chargerEntité(parametres) : Array entite + fonctions.afficheEntites(Array entite) :
mais entites.afficheEntite(parametres)

en bref, quelle est la façon la meilleure d'organiser le code d un site internet?