Créer plusieurs sites internet chez un FAI

Bonjour,
Comment créer plusieurs sites internet chez un FAI ?
Faut-il créer autant de répertoire que de sites ?
Comment sont gérés les fichiers index ?
Problème : un premier site a été créé et celui-ci fonctionnait parfaitement, les fichiers étant à la racine.
Une autre personne a créé un deuxième site et ses fichiers se trouvent également à la racine y compris le fichier index qui a pris le pas sur le mien.

Merci d'avance

Gégé