Est-ce une bonne idée de réinitialiser mon PC ?

Bonjour,

Depuis peu, j'ai remarqué que mon PC était assez lent.
Mon espace disque est presque saturé (Mon disque n'est pas partitionné : le système d'exploitation (Windows) se trouve donc sur un lecteur qui est presque saturé.)
Le fait est que j'ai supprimé quelques logiciels, fichiers anciennes versions de windows, ect mais que je pense que j'ai beaucoup de 'fichiers cachés' qui prennent de l'espèce inutilement et je n'ai pas envie d'aller supprimer tout et n'importe quoi sur mon disque.

Et de plus, je me demande si mon PC ne serait pas un petit peu infecté...

J'ai un antivirus et un antimalware qui me disent que tout est clean mais j'ai cru comprendre qu'on ne peut pas s'y fier à 100%.

Ma question était donc la suivante: si je copie tous les fichiers que je veux conserver sur un disque dur externe,
y-a t'il moyen de faire une sorte de réinitialisation usine? Si oui, celle-ci m'assurera-t'elle d'éliminer 100% des potentiels virus présents sur mon ordinateur?
Pour le problème de l'espace disque, je suppose que cela aiderait.

Pour finir, lors d'une telle manipulation, qu'arrive-t'il au système d'exploitation? Faut-il le réinstaller par la suite?

Merci d'avance pour votre aide,
Maxence