Convertir un fichier BAM en TXT

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MITHRA
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 Utilisateur anonyme - 2 mars 2021 à 14:06
Bonjour,

Voici trois semaines que je me tue à essayer de convertir, sans succès, un fichier BAM de 54,7 Go en un fichier TXT. Pourriez-vous me conseiller un logiciel facile à utiliser ?

Merci beaucoup !

3 réponses

barnabe0057
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24 févr. 2021 à 09:50
Bonjour,

Est-ce qu'il s'agit bien de séquençage génomique ?

https://fr.wikipedia.org/wiki/Binary_Alignment_Map

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MITHRA
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Oui, exactement ! Par contre, il me faut le convertir pour avoir accès aux informations dont je souhaite bénéficier.
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Utilisateur anonyme
24 févr. 2021 à 12:34
54 Go en texte, ça risque de prendre du temps (longtemps) à s'afficher.
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MITHRA
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Je n'ai pas le choix. Tel quel, avec cette extension, ce fichier m'est totalement inutile.
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Utilisateur anonyme > MITHRA
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Modifié le 24 févr. 2021 à 19:04
Ce fichier a été généré par un logiciel, et doit bien y avoir un logiciel pour le traiter.
Le convertir en: ".txt" ne doit pas être la bonne solution .
Pour 54 Go tu peux compter dans les 30 heures pour avoir l'affichage, en admettant que le bloc note ne fasse pas une "over dose"
Plus rapide avec un éditeur, mais certainement pas instantané
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MITHRA
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2 mars 2021 à 11:06
Bonjour,

Oui, je m'en doute. J'ai bien mis trois heures à le télécharger.
Je peux toutefois utiliser un fichier équivalent beaucoup léger en VCF. Il fait 244 Mo. Afin de pouvoir l'utiliser, je devrais le convertir en CSV ou TXT. Malheureusement, il est encore trop gros pour tous les sites de conversion que j'ai trouvé sur Google.
Sauriez-vous éventuellement comment je pourrais convertir un fichier VCF de 244 Mo en fichier CSV ou TXT ?
Merci !
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Utilisateur anonyme
2 mars 2021 à 14:06
Sur Google, ils disent que le VCF c'est du texte
Si tu peux en montrer un bout on peut faire un soft qui le mettra en forme
https://www.google.com/search?q=format+VCF&ie=utf-8&oe=utf-8&client=firefox-b-ab
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