Concatenar líneas en notepad++

Hola,
no muy precisa su pregunta. Y aún menos concreta.
Notepad++ es un editor de texto...
Si solo usa eso, significa hacerlo a mano.

¿Qué tipo de archivo? ¿Qué relación tiene con la web? ¿Cuáles son los criterios de agrupamiento?
¿Con qué propósito y por qué: de dónde vienen los datos y a qué están destinados?

Aparte de tener un formato útil como CSV, JSON, XML y hacer un programa que pueda clasificar y generar un archivo correcto fácilmente, deberá leer cada línea una por una para agruparlas en un nuevo archivo.

Diría (sin tener idea de lo que está haciendo, así que... no estoy seguro de ser justo) que sus datos están muy mal recopilados y que le llevará bastante tiempo hacer copias y pegados a mano. La única cosa que debe hacer: recopilar mejor los datos la próxima vez para poder hacer algo con ellos.

De lo contrario, puede manipular un archivo de texto con un programa... pero el conjunto se considerará como una sola pieza y, por lo tanto, no será fácil de manipular:

https://www.tutorielsenfolie.com/tutoriels-92-Lire-et-ecrire-dans-un-fichier-en-JavaScript.html

Y para la clasificación, puede usar RegExp que permite utilizar expresiones regulares para identificar cada línea por su inicio (¿si tienen un inicio?). Con .substring entre 2 inicios, puede recuperar cada línea (o si hay un carácter de salto de página recuperable... pero ahí no estoy seguro).

Finalmente, he utilizado JavaScript aquí, pero puede usar cualquier lenguaje de programación (como C#, que quizás permite mejores manipulaciones de archivos) siempre que abra/lea el archivo con él.

Trabaje en una copia así no corre el riesgo de perderlo todo haciendo una modificación incorrecta... pero la solución de hacerlo todo a mano me parece más rápida, 1000 líneas divididas en 2 aún puede hacerlo en un día sin forzar.