Réinstallation de Windows sur SSD et non-détection des applications installés su

Bonjour à tous,
Ayant eu un problème avec windows sur mon SSD, les options de récupération ne fonctionnant pas, je n'ai eu d'autre choix que de réinstaller Windows.
Je disposais d'un autre disque dur où étaient installés beaucoup des mes applications.
J'ai donc formaté mon SSD mais pas mon HDD.
Une fois Windows réinstallé, je pensais que tout allait rentrer dans l'ordre, mais logiquement, aucune des applications sur mon HDD ne sont détectées comme installées et donc mon ordinateur fonctionne moyennement, par exemple les drivers ne fonctionnent pas bien, Flash Player n'est pas détecté par mes navigateurs malgré mes multiples installations, la plupart des jeux que j'avais installé sur Steam ne se lancent pas, enfin bref, c'est plutôt le bordel.
Sauriez-vous comment pourrais-je pallier à cela, pourriez-vous m'aider ?
Cordialement