SSD + HDD : doublons et problèmes chemins accès

Bonjour,

J'ai monté mon premier PC sous windows 8.1.
Celui-ci comprend un SSD sur lequel j'ai installé Windows.
Le HDD doit servir au reste.

Quand j'ai eu fini d'installer le PC. J'ai fais une manip de redirection automatique de mes installation sur le HDD (me souviens plus comment j'ai procédé). Car tous les logiciels ou fichiers était automatiquement sauvés sur le SSD.
Désormais, les logiciels vont théoriquement dans D:\Program Files qui est le HDD

Cela a fonctionné, SAUF exceptions, et de plus je rencontre un problème:
- Quelle est la différence entre le dossier :\Program Files, et le dossier :\Program Files (x86) ?

-J'ai bon nombre de doublons dans mes disques:
Par exemple :
J'ai un dossier SONY dans ::\Program Files & \Program Files (x86) DE CHAQUE Disque dur !
Au final seul le dossier C:\Program Files\Sony\ comporte mes besoins, les autres sont soit vides soit avec des fichiers bizaroïdes ...

J'ai donc un problème car je ne sais plus qui est qui, qui est le bon dossier sur quel disque etc... je ne veux pas risquer de vider le SSD (ce que j'aimerai faire, sauf pour windows), au risque de perdre des programmes ou des fichiers...

la vision de mes deux disques en bordel:



Idem pour Mozilla par exemple.

- D'ailleurs mozilla ou chrome par exemple, perdent régulièrement le chemin d'accès pour les raccourcis bureau , je suis obligé de les recréer. Je ne sais pas par quel miracle, c'est aléatoire.
Et Mozilla ouvre un onglet différent (voir screenshot) quand je l'ouvre...



Ou encore, quand je prends des screenshots dans des jeux, ceux-ci viennent se sauvegarder dans mes documents du disque SSD, alors que mes documents sont normalement sur le HDD (j'avais également fait une redirection)

Sauriez vous me guider pour résoudre ce problème? j'espère être clair