Librairie manquante depuis mise à jour Ubuntu 16.04 LTS
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in_die
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mamiemando
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Modifié par mamiemando le 3/08/2016 à 10:41
Modifié par mamiemando le 3/08/2016 à 10:41
Bonjour,
Version 1
Vu que cette librairie semble, vu son chemin, avoir été compilée manuellement, as-tu essayé de recompiler cette librairie et ton programme ?
Version 2 (conseillée)
https://packages.ubuntu.com/yakkety/freefem
1) Active les dépôts universe
http://computriks.com/fr/activer-depot-universe-ubuntu
2) Lance une mise à jour via la logithèque et installe freefem. Version en ligne de commandes :
Bonne chance
Version 1
Vu que cette librairie semble, vu son chemin, avoir été compilée manuellement, as-tu essayé de recompiler cette librairie et ton programme ?
Version 2 (conseillée)
freefemexiste sous forme de paquet, donc le mieux serait simplement de l'installer via la logithèque ou
apt-get, une fois les dépôts universe ajouté à tes sources logicielles :
https://packages.ubuntu.com/yakkety/freefem
1) Active les dépôts universe
http://computriks.com/fr/activer-depot-universe-ubuntu
2) Lance une mise à jour via la logithèque et installe freefem. Version en ligne de commandes :
sudo apt-get update
sudo apt-get install freefem
Bonne chance
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3 août 2016 à 20:00
3 août 2016 à 20:00
Si freefem est installé, alors pourquoi y a-t'il des bouts dans /usr/local ? En théorie les dépendances du paquets devraient suffire à son fonctionnement.
Concernant ton erreur de linkage, est ce que libmpi_f77 existe quelque part sur ton disque dur ? (en théorie dans
Si ce n'est pas le cas ça explique ton erreur de linkage. Si la librairie est présente dans un autre répertoire, indique moi lequel.
Bonne chance
Concernant ton erreur de linkage, est ce que libmpi_f77 existe quelque part sur ton disque dur ? (en théorie dans
/lib,
/usr/libou
/usr/local/lib) ?
ls -l /lib/libmpi_f77*
ls -l /usr/lib/libmpi_f77*
ls -l /usr/local/lib/libmpi_f77*
Si ce n'est pas le cas ça explique ton erreur de linkage. Si la librairie est présente dans un autre répertoire, indique moi lequel.
Bonne chance
in_die
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4 août 2016 à 13:27
4 août 2016 à 13:27
"Si freefem est installé, alors pourquoi y a-t'il des bouts dans /usr/local? "
Cela veut dire que lorsqu'un prog est installé il n'y a pas de bouts dans local?
Pour le linkage j'ai déjà tenté de chercher libmpi_f77 de partout mais sans succès... J'ai demandé donc au développeur de me l'envoyer mais on m'a expliqué qu'il fallait que je reconfigure et recompile et réinstaller.
Je recompile est tente de réinstaller freefem mais j'ai des erreurs de compilation au make et échoue au niveau de "load_compile". Ca expliquerai pourquoi je peux utiliser freefem normalement sauf lorsque j'utilise la commande "load".
Pour les erreurs de compilation c'est difficile à débugger, je suis un peu perdue là. As tu une idée qui pourrait m'aider à avancer?
Cela veut dire que lorsqu'un prog est installé il n'y a pas de bouts dans local?
Pour le linkage j'ai déjà tenté de chercher libmpi_f77 de partout mais sans succès... J'ai demandé donc au développeur de me l'envoyer mais on m'a expliqué qu'il fallait que je reconfigure et recompile et réinstaller.
Je recompile est tente de réinstaller freefem mais j'ai des erreurs de compilation au make et échoue au niveau de "load_compile". Ca expliquerai pourquoi je peux utiliser freefem normalement sauf lorsque j'utilise la commande "load".
Pour les erreurs de compilation c'est difficile à débugger, je suis un peu perdue là. As tu une idée qui pourrait m'aider à avancer?
mamiemando
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5 août 2016 à 00:18
5 août 2016 à 00:18
Bonjour,
Pardon pour la réponse qui suit, qui est un peu longue, mais qui est importante pour que tu partes sur de bonnes bases.
1) Quelques rappels importants sur linux
1.a) Paquets vs sources
Cela veut dire que lorsqu'un prog est installé il n'y a pas de bouts dans local?
Non effectivement. Si ton programme est purement installé par des paquets, rien n'est sensé s'installer dans
Linux fonctionne ainsi typiquement pour éviter des collisions entre des programmes installés via le gestionnaire de paquets et ceux installés autrement.
Pour le linkage j'ai déjà tenté de chercher libmpi_f77 de partout mais sans succès... J'ai demandé donc au développeur de me l'envoyer mais on m'a expliqué qu'il fallait que je reconfigure et recompile et réinstaller.
Effectivement car de deux choses l'unes :
- soit le paquet a été installé avec des paquets, et si les mainteneurs ont bien fait leur travail, alors toutes les dépendances sont explicitées dans le paquet, et donc toutes les librairies requises pour lancer le programme sont également installées. Note que si par erreur tu venais à vouloir supprimer un tel paquet, alors en cascade, tout ce qui en dépend serait supprimé.
- soit le programme a été compilé manuellement (comme le laisse penser les bouts dans
Quoi qu'il en soit il est important de privilégier les installations par paquets autant que possible :
1) c'est plus facile à mettre en œuvre
2) ce qui est installé par des paquets est mis à jour quand tu mets à jour ton système (en fait, mettre à jour son linux signifie mettre à jour les paquets installés)
3) c'est plus facile à désinstaller
4) en cas de soucis, tu es dans un contexte "propre" et tu peux éventuellement remonter des bugs si quelque chose cloche.
1.b) Miroirs et dépôts additionnel
Le seul cas où tu installes "manuellement" (sources + make install), c'est si les dépôts ne fournissent pas le logiciel dont tu as besoin. Pour déterminer si on est dans cette situation, il faut faire une recherche avec le site des paquets de ta distribution :
https://packages.ubuntu.com/fr/
En effet,
Dans ton cas il s'agit de freefem. Une petite recherche et on a ça :
https://packages.ubuntu.com/search?keywords=freefem&searchon=names&suite=xenial§ion=all
On voit dans les paquets qu'il y un paquet
https://packages.ubuntu.com/xenial/freefem
On voit sur cette page deux choses : les releases ubuntu pour lesquelles le paquet existe. Tout va bien tu es en xenial et il existe. Et on voit surtout Paquet : freefem (3.5.8-5.1ubuntu1) [universe] dans le titre. Ce [universe] signifie que tu dois activer les dépôts universe (si ce n'est pas déjà fait) puis lancer :
À partir de maintenant
Par contre je déconseille l'ajout de dépôt ppa (si tu ne sais pas ce que c'est, tant mieux :p) ou sous debian, des dépôts multimedia, qui sont souvent sources de problèmes.
Ok, maintenant histoire de se mettre bien, une petite mise à jour :
Il est important de s'assurer que si tu lances cette commande, aucun paquet n'est "maintenu" (c'est-à-dire gelé dans un numéro de version, ce qui peut par la suite empêcher la mise à jour où l'installation de paquets).
1.c) Le PATH
Un truc important, c'est comment "linux" (ton shell en vrai) fait pour comprendre que quand tu lances la commande freefem, c'est tel exécutable qu'il faut lancer.
Eh bien c'est comme sous windows : une variable d'environnement, appelée PATH, détermine une liste de répertoire dans lesquels espérer trouver un exécutable. En effet sans path, on ne pourrait pas lancer ls (il faudrait lancer /bin/ls) ou ifconfig (il faudrait lancer /sbin/ifconfig) ce qui n'est pas très pratique.
Le PATH permet également d'avoir un comportement clair si un exécutable figure dans plusieurs répertoire "à exécutable" (/bin; /sbin, /usr/local/bin, /usr/local/sbin notamment), car il indique dans quel ordre les inspecter.
Si tu lances une commandes sans spécifier son chemin absolu (par exemple ls au lieu de /bin/ls), alors le shell regarde avec le PATH chaque répertoire dans l'ordre et s'arrête dès qu'il trouve un exécutable. S'il n'en trouve aucun, il dit un truc du genre "bash: command not found".
Si on regarde un PATH standard voici ce qu'il contient :
On voit que /usr/local/bin est privilégié à /usr/bin. C'est assez normal : souvent quand on installe un programme manuellement c'est que celui fourni par les paquets n'est pas satisfaisant (s'il est installé). Du coup il est légitime de mettre les répertoire dans cet ordre.
Et maintenant nous avons toutes les billes pour faire un ...
2) ... retour à ton problème
Je suppose maintenant que tu es dans ce cas :
1) ta xenial est à complètement jour
2) le dépôt universe est activé et tu as fait un
3)
Installons freefem via les paquets :
sudo apt-get install free
À ce stade tu as des bouts dans
Tu l'auras compris, il faut nettoyer les bouts qui traînent dans
Première chose à noter, tout ce qui est installé dans
Donc la bonne approche, en supposant que le makefile que tu as utilisé à l'époque pour installer freefem est bien fait, au même titre qu'il y a une cible "install" (utilisée par
À présent,
Bonne chance
Pardon pour la réponse qui suit, qui est un peu longue, mais qui est importante pour que tu partes sur de bonnes bases.
1) Quelques rappels importants sur linux
1.a) Paquets vs sources
Cela veut dire que lorsqu'un prog est installé il n'y a pas de bouts dans local?
Non effectivement. Si ton programme est purement installé par des paquets, rien n'est sensé s'installer dans
/usr/local. Si par contre, tu installes des programmes autrement (typiquement en récupérant des sources, en les compilant, et en les installant avec
make install), alors des bouts seront installés dans
/usr/local.
Linux fonctionne ainsi typiquement pour éviter des collisions entre des programmes installés via le gestionnaire de paquets et ceux installés autrement.
Pour le linkage j'ai déjà tenté de chercher libmpi_f77 de partout mais sans succès... J'ai demandé donc au développeur de me l'envoyer mais on m'a expliqué qu'il fallait que je reconfigure et recompile et réinstaller.
Effectivement car de deux choses l'unes :
- soit le paquet a été installé avec des paquets, et si les mainteneurs ont bien fait leur travail, alors toutes les dépendances sont explicitées dans le paquet, et donc toutes les librairies requises pour lancer le programme sont également installées. Note que si par erreur tu venais à vouloir supprimer un tel paquet, alors en cascade, tout ce qui en dépend serait supprimé.
- soit le programme a été compilé manuellement (comme le laisse penser les bouts dans
/usr/local), et dans ce cas là, il faut au préalable s'assurer que toutes les librairies nécessaire à la compilation de ton programme sont présentes. Note que ces librairies peuvent elles-mêmes être installées soit par des paquets, soit manuellement en compilant des sources.
Quoi qu'il en soit il est important de privilégier les installations par paquets autant que possible :
1) c'est plus facile à mettre en œuvre
2) ce qui est installé par des paquets est mis à jour quand tu mets à jour ton système (en fait, mettre à jour son linux signifie mettre à jour les paquets installés)
3) c'est plus facile à désinstaller
4) en cas de soucis, tu es dans un contexte "propre" et tu peux éventuellement remonter des bugs si quelque chose cloche.
1.b) Miroirs et dépôts additionnel
Le seul cas où tu installes "manuellement" (sources + make install), c'est si les dépôts ne fournissent pas le logiciel dont tu as besoin. Pour déterminer si on est dans cette situation, il faut faire une recherche avec le site des paquets de ta distribution :
https://packages.ubuntu.com/fr/
En effet,
apt-cache search ...ou
apt-file search ...ne te permettront pas de savoir si un paquet existe ou non pour ton logiciel, puisqu'ils ne tiennent compte que des miroirs que tu as configuré dans
/etc/apt/sources.list. En outre quand tu es sous ubuntu, beaucoup de logiciels sont dans des dépôts qui ne sont pas activés par défaut (cf dépôts universe et multiverse). Ce genre de choses peut d'ailleurs arriver aussi sous debian (cf dépôts non-free et contrib).
Dans ton cas il s'agit de freefem. Une petite recherche et on a ça :
https://packages.ubuntu.com/search?keywords=freefem&searchon=names&suite=xenial§ion=all
On voit dans les paquets qu'il y un paquet
freefem, c'est celui qui nous intéresse.
https://packages.ubuntu.com/xenial/freefem
On voit sur cette page deux choses : les releases ubuntu pour lesquelles le paquet existe. Tout va bien tu es en xenial et il existe. Et on voit surtout Paquet : freefem (3.5.8-5.1ubuntu1) [universe] dans le titre. Ce [universe] signifie que tu dois activer les dépôts universe (si ce n'est pas déjà fait) puis lancer :
sudo apt-get update
À partir de maintenant
apt-cache search freefemdevrait donner des résultats. On peut aussi en profiter pour réindexer les dépôts avec
apt-filesi tu l'utilises :
sudo apt-file update
Par contre je déconseille l'ajout de dépôt ppa (si tu ne sais pas ce que c'est, tant mieux :p) ou sous debian, des dépôts multimedia, qui sont souvent sources de problèmes.
Ok, maintenant histoire de se mettre bien, une petite mise à jour :
sudo apt-get upgrade
Il est important de s'assurer que si tu lances cette commande, aucun paquet n'est "maintenu" (c'est-à-dire gelé dans un numéro de version, ce qui peut par la suite empêcher la mise à jour où l'installation de paquets).
1.c) Le PATH
Un truc important, c'est comment "linux" (ton shell en vrai) fait pour comprendre que quand tu lances la commande freefem, c'est tel exécutable qu'il faut lancer.
Eh bien c'est comme sous windows : une variable d'environnement, appelée PATH, détermine une liste de répertoire dans lesquels espérer trouver un exécutable. En effet sans path, on ne pourrait pas lancer ls (il faudrait lancer /bin/ls) ou ifconfig (il faudrait lancer /sbin/ifconfig) ce qui n'est pas très pratique.
Le PATH permet également d'avoir un comportement clair si un exécutable figure dans plusieurs répertoire "à exécutable" (/bin; /sbin, /usr/local/bin, /usr/local/sbin notamment), car il indique dans quel ordre les inspecter.
Si tu lances une commandes sans spécifier son chemin absolu (par exemple ls au lieu de /bin/ls), alors le shell regarde avec le PATH chaque répertoire dans l'ordre et s'arrête dès qu'il trouve un exécutable. S'il n'en trouve aucun, il dit un truc du genre "bash: command not found".
Si on regarde un PATH standard voici ce qu'il contient :
(mando@velvet) (~) $ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games
On voit que /usr/local/bin est privilégié à /usr/bin. C'est assez normal : souvent quand on installe un programme manuellement c'est que celui fourni par les paquets n'est pas satisfaisant (s'il est installé). Du coup il est légitime de mettre les répertoire dans cet ordre.
Et maintenant nous avons toutes les billes pour faire un ...
2) ... retour à ton problème
Je suppose maintenant que tu es dans ce cas :
1) ta xenial est à complètement jour
2) le dépôt universe est activé et tu as fait un
sudo apt-get update, conformément à ce qu'on a vu dans 1.b.
3)
apt-cache search freefemtrouve
freefemet confirme ainsi que tout est ok.
Installons freefem via les paquets :
sudo apt-get install freefem
sudo apt-get install free
À ce stade tu as des bouts dans
/usr/local/. En particulier, je pense que tu as un exécutable
/usr/local/bin/freefem). À cause du PATH, si tu lances la commande
freefemil va lancer en vrai
/usr/local/bin/freefem(voir 1.c). Il y a fort à parier que d'ailleurs, si tu lances
/usr/bin/freefemtout se passe bien :-)
Tu l'auras compris, il faut nettoyer les bouts qui traînent dans
/usr/localqui n'ont plus raison d'être.
Première chose à noter, tout ce qui est installé dans
/usr/localn'est jamais vital au système par définition du rôle de
/usr/local, car tout le système est installé par des paquets, et est donc en dehors de ce dossier. Donc en gros, supprimer des fichiers de
/usr/localne cassera jamais ton système, au pire ça empêchera de lancer certains programme installés "manuellement". En outre, tu pourrais tout à fait supprimer cet exécutable (
sudo rm /usr/local/bin/freefem) mais il resterait encore des "bouts" à nettoyer.
Donc la bonne approche, en supposant que le makefile que tu as utilisé à l'époque pour installer freefem est bien fait, au même titre qu'il y a une cible "install" (utilisée par
sudo make install) il y a sans doute une cible uninstall :
cd /le/repertoire/des/sources/de/freefem
sudo make uninstall
À présent,
freefemsera résolu par le shell comme étant
/usr/bin/freefemet le problème devrait alors être résolu.
Bonne chance
in_die
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18 juillet 2019
5 août 2016 à 11:58
5 août 2016 à 11:58
Merci beaucoup pour cette réponse précise et très intéressante.
Néanmoins, j'installe FreeFem à la main en compilant, je ne veux pas installer celle des dépots car j'ai besoin de la dernière version permettant de faire du mpi.
Je reste toujours bloquée au make, sur metis.cpp qu'il n'arrive pas à compiler. Là j'ai fait un maximum de ménage et je reprends tout.
Mais pourquoi est ce que la mise à jour Ubuntu a t elle fait ca? En plus j'ai plusieurs pc mis à jour et sur chaque pc j'ai exactement le meme problème, je ne peux plus utiliser Freefem-mpi!
Néanmoins, j'installe FreeFem à la main en compilant, je ne veux pas installer celle des dépots car j'ai besoin de la dernière version permettant de faire du mpi.
Je reste toujours bloquée au make, sur metis.cpp qu'il n'arrive pas à compiler. Là j'ai fait un maximum de ménage et je reprends tout.
Mais pourquoi est ce que la mise à jour Ubuntu a t elle fait ca? En plus j'ai plusieurs pc mis à jour et sur chaque pc j'ai exactement le meme problème, je ne peux plus utiliser Freefem-mpi!
3 août 2016 à 14:23
Depuis le changement de version je n'arrive plus à compiler mes programmes, j'ai des erreurs "référence indéfinie vers *mpi*..."
Version 2: freefem est bien installé mais ce sont les compléments "mpi" qui ne sont plus utilisables. J'ai essayé de recompilé et réinstaller les solveurs mais à chaque fois maintenant j'ai des erreurs "référence indéfinie vers ..." c'est pénible. Autrement dit je ne peux plus rien compiler donc installer.
Peux tu m'aider?