J'ai perdu presque la moitié de mes fichiers

Bonjour,
Alors je vous explique (ça date un peu de longtemps donc excusez moi du manque d'information) : Un jour, j'ai téléchargé un programme assez bizarre sur Internet. Le même jour, je manipulais rapidement mon PC et sans le faire exprès, j'ai déplacé au niveau du dossier Program Files un des dossiers étant dans le Program Files dans un autre endroit que j'arrive plus à retrouver. En somme après redémarrage de mon PC, j'ai perdu presque la moitié de mes fichiers y compris les applications issues de Windows 8 (PDF,Video,Photo...) et beaucoup d'autres logiciels ne marchent plus. J'ai essayé de retrouver le dossier concerné pour le remettre à sa place, mais sans succès. Pour l'origine du problème, je pense que cela vient soit du téléchargement d'un virus, soit de ma mauvaise manipulation au niveau du dossier Program Files.
J'ai peur de devoir formater complément mon PC et d'y installer un nouveau Windows 8. Formater le PC ne me poserais pas de problème, mais l'essentiel serait de n'être pas obliger d'y réinstaller Windows 8 et de retrouver toutes les applications issues de Windows 8 comme Vidéo, PDF, Photos... Que me conseillez-vous ?
Merci de votre réponse.