Ordi qui rame en rapport peut etre avec NTFS

Bonjour,
depuis peu j'ai remarqué que mon ordinateur rame énormément au démarrage ainsi j'ai supprimé un à un les programmes que j'avais téléchargé entre temps mais il n'y a eu aucun changement.Une chose peut etre la cause de ce "broutage" en effet j'ai changé le systeme de fichiers de mon disque dur en NTFS et comme j'ai un ordinateur avec un double coeur devrais je aussi changer le systeme de fichiers de mon 2ème disque dur?Peut etre que cela fait un conflit entre les deux disques durs qui n'ont pas le meme systeme de fichiers

SVP aidez moi