Concantener des fichiers par pair en fonction de leur nom

Fermé
jawad - 11 juin 2015 à 10:07
 jawad - 16 juin 2015 à 09:37
Bonjour,
J'ai un grand nombre de fichier texte que je veux concantener par paire en evitant de le faire paire par paire !
les noms sont du type:
fichier1.fastq
newfichier1_new.fastq
fichier2.fastq
newfichier2_new.fastq
etc...
Auriez-vous une idée de script pour faire ça en batch?
Merci d'avance!


1 réponse

dubcek Messages postés 18749 Date d'inscription lundi 15 janvier 2007 Statut Contributeur Dernière intervention 29 septembre 2024 5 618
11 juin 2015 à 11:21
hello
comment doivent s'appeller les fichiers de destination ?
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fichier1total.fastq
fichier2total.fastq
merci!
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dubcek Messages postés 18749 Date d'inscription lundi 15 janvier 2007 Statut Contributeur Dernière intervention 29 septembre 2024 5 618
11 juin 2015 à 12:37
pour voir ce qu'il va faire
for f in fich*; do echo "cat $f " new${f%%.*}* " > ${f%%.*}total.fastq"; done

pour effectuer
for f in fich*; do cat $f new${f%%.*}* > ${f%%.*}total.fastq; done
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jawad > dubcek Messages postés 18749 Date d'inscription lundi 15 janvier 2007 Statut Contributeur Dernière intervention 29 septembre 2024
16 juin 2015 à 09:37
Merci beaucoup! après un peu de bidouille (les noms n'avaient en fait pas exactement cette structure!), ça fonctionne parfaitement!
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