Gros problème de dossiers et fichiers invisible

Bonsoir à tous,

Je viens de tomber sur un gros gros problème, en voulant aller voir quelque chose dans "C:\Program Files (x86)\Nomdudossier" je n'avais plus rien dedans dans n'importe quel sous-dossier !
J'ai donc essayer avec un autre dossier, la même chose rien du tout !
Je suis donc aller voir dans mes autres disques durs et j'ai beau navigué dans les fichiers que je ne suis pas l'auteur (exemple Ubisoft, Steam, Origin, Microsoft, Google,...) , il n'y a plus rien (par contre j'ai encore mes musqiues, films, photos,...).

Mais tous les fichiers sont bien présents, pas supprimés, par exemple je lance un jeu (Assassin's Creed Unity), le jeu se lance, je peux y jouer mais dans les dossiers de l'ordinateur, rien ne s'affiche, je commence un peu à m'inquiéter...

J'ai utiliser un coup de MalwareBytes, ADW Cleaner et Kaspersky.
Rogue Killer me fait des écrans bleus.
J'ai aussi activer la visibilité des dossiers cachés mais rien du tout...

Si j'ai peut être attraper un malware qui m'a foutu en l'air le registre je suis mal :/
Donc si quelqu'un à une idée, je suis preneur surtout si il faut aller bidouiller dans le registre.

Bonne soirée,
Merci