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benhamamohamed
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benhamamohamed Messages postés 10 Date d'inscription Statut Membre Dernière intervention -
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Salut tout le monde !
Bonsoir ,
Je suis un étudiant de 2ème année Master Informatique Décisionnelle.
Je suis chargé de travailler sur un projet sous le thème : Modèles de Markov cachés pour l'analyse des séquences biologiques .
Je cherche quelqu'un qui peut m'expliquer ce qui est voulu et quel est le cahier de charge que je devrai suivre pour réaliser ce projet. C'est-à-dire le role de l'application ( ce qu'on attend de l'application ), autrement dit : quel est le résultat doit l'application nous fournir .
Merci beaucoup .
Bonsoir ,
Je suis un étudiant de 2ème année Master Informatique Décisionnelle.
Je suis chargé de travailler sur un projet sous le thème : Modèles de Markov cachés pour l'analyse des séquences biologiques .
Je cherche quelqu'un qui peut m'expliquer ce qui est voulu et quel est le cahier de charge que je devrai suivre pour réaliser ce projet. C'est-à-dire le role de l'application ( ce qu'on attend de l'application ), autrement dit : quel est le résultat doit l'application nous fournir .
Merci beaucoup .
3 réponses
Bonjour,
Je cherche quelqu'un qui peut m'expliquer ce qui est voulu et quel est le cahier de charge que je devrai suivre pour réaliser ce projetTes profs ! Ceux qui t'ont donné ce travail ! Eux, et seulement eux, savent ce qu'ils attendent de toi.
Merci Monsieur Chris pour cette réponse.
Oui , c'est vrai ! mes professeurs qui m'ont donné ce sujet , mais je suis obligé de chercher à propos de sujet.
En effet , juste une petite explication de sujet .Autrement dit, quelle est la relation entre les Modèles de Markov Cachés et les séquences biologiques ! .
Merci .
Oui , c'est vrai ! mes professeurs qui m'ont donné ce sujet , mais je suis obligé de chercher à propos de sujet.
En effet , juste une petite explication de sujet .Autrement dit, quelle est la relation entre les Modèles de Markov Cachés et les séquences biologiques ! .
Merci .
La question n'est déjà plus tout à fait la même (apparition des séquences biologiques) preuve que tu as réfléchi à lka thématique et à son traitement.
Par pure curiosité, de quelles séquences bio est-il question ? Les séquences des composants des acides nucléiques ou des protéines ou celles des processus élémentaires des phénomènes plus vastes ?
Par pure curiosité, de quelles séquences bio est-il question ? Les séquences des composants des acides nucléiques ou des protéines ou celles des processus élémentaires des phénomènes plus vastes ?
Quel but ultime ?
Comparer des séquences ? Du point de vue de l"évolution ? De l'activité biologique ? Des structures tri-di ? Autres...
Le cahier des charges t'es largement imposé par ce que tu dois analyser.
Comme tu le sais surement, chaque acide aminé est codé dans les acides nucléiques par un "codon", triplet de nucléotides. Ces nucléotides sont au nombre de 4, abréviés A, T, G, C dans l'ADN ou A, U, G, C dans l'ARN. Il y a 22 acides aminés et 64 codons : chacun des premiers peut être codé par plusieurs codons mais chaque codon ne peut coder qu'un acide aminé. Et cetera... Ce sont des données essentielles pour l'étude de l'évolution. Les propriétés physico-chimiques des acides aminés sont par ailleurs importantes pour des études de structure et/ou d'activité...
Au boulot...
Comparer des séquences ? Du point de vue de l"évolution ? De l'activité biologique ? Des structures tri-di ? Autres...
Le cahier des charges t'es largement imposé par ce que tu dois analyser.
Comme tu le sais surement, chaque acide aminé est codé dans les acides nucléiques par un "codon", triplet de nucléotides. Ces nucléotides sont au nombre de 4, abréviés A, T, G, C dans l'ADN ou A, U, G, C dans l'ARN. Il y a 22 acides aminés et 64 codons : chacun des premiers peut être codé par plusieurs codons mais chaque codon ne peut coder qu'un acide aminé. Et cetera... Ce sont des données essentielles pour l'étude de l'évolution. Les propriétés physico-chimiques des acides aminés sont par ailleurs importantes pour des études de structure et/ou d'activité...
Au boulot...
Bonsoir ,
Ok !?
Pour ne pas mélanger les choses, je veux seulement ,Monsieur, m'expliquer le but de l'analyse de séquences biologiques .Parce que je viens de lire des tutoriels qui parlent beaucoup de l'analyse des séquences biologiques et j'ai trouvé : Alignements des séquences , séquençage d'ADN, recherche des motifs ... etc. Mais j'ai pas compris le principe de ces derniers !!!
Pouvez-vous , Monsieur, de me les expliquer ?
Ok !?
Pour ne pas mélanger les choses, je veux seulement ,Monsieur, m'expliquer le but de l'analyse de séquences biologiques .Parce que je viens de lire des tutoriels qui parlent beaucoup de l'analyse des séquences biologiques et j'ai trouvé : Alignements des séquences , séquençage d'ADN, recherche des motifs ... etc. Mais j'ai pas compris le principe de ces derniers !!!
Pouvez-vous , Monsieur, de me les expliquer ?
Bonsoir,
On va essayer...
On note les séquences d'ADN par 4 lettres, symboles des constituants de l'ADN : ATGC.
Une séquence aura cet aspect :
...ATTCGCGCGATAA...
Une autre :
...GCAGCTTGGTATA...
Les points signifient que je te montre des morceaux de chaines très longues (des millions de lettres !)
Ces séquences codent pour des protéines. Celles-ci peuvent avoir des fonctions proches, dans un même organisme, ou avoir des fonctions identiques chez des êtres vivants (très) différents ou avoir des fonctions proches chez des êtres vivants différents voire avoir des fonctions très différentes... La structure des protéines est contenue dans le code de l'ADN et leurs fonctions dépendent de leur structure.
Comparer les séquences permet de :
- comprendre des relations de structure entre des protéines,
- de ce fait, de comprendre comment des protéines d'une famille ont traversé l'évolution des espèces,
- de comprendre quel morceau -tel que codé par un motif dans l'ADN- joue un rôle dans le fonctionnement de la protéine.
SI je reprends mes deux morceaux de séquence ci-dessus :
- Le séquençage consiste à faire l'analyse (technique biochimique) de l'ADN pour déterminer l'ordre des quatre lettres.
- L'alignement consiste à rechercher si une suite de lettre d'une séquence peut plus ou moins finement se mettre en ligne avec une suite de l'autre séquence
Vu comme ça, mes exemples ne s'alignent pas.
Mais la séquence :
...ATTCGCGCGATAA...
pourrait s'aligner avec :
...ATCCGCGCATA...
en supposant des mutations par substitution, addition ou délétion de lettres :
- La recherche des motifs vise à trouver des petits bouts de séquence ou motifs caractéristiques d'une structure, d'une fonction ou d'un mode d'action de la protéine. Un exemple, j'ai travaillé sur des protéines hormonales. Les premières connues, chez des Mammifères, ont montré une séquence de 15 lettres communes aux hormones des principales espèces étudiées alors. On en a déduit que ce motif était important pour le fonctionnement des hormones. En étudiant des espèces d'autres groupes (poisons, oiseaux, reptiles...), on a trouvé des hormones semblables, les séquences d'ADN qui correspondent et ce motif de 15 lettres dans les séquences : il a subi des mutations mais planifie un petit bout de protéine très conservé que ce soit chez des Poissons ou des Hommes...
On va essayer...
On note les séquences d'ADN par 4 lettres, symboles des constituants de l'ADN : ATGC.
Une séquence aura cet aspect :
...ATTCGCGCGATAA...
Une autre :
...GCAGCTTGGTATA...
Les points signifient que je te montre des morceaux de chaines très longues (des millions de lettres !)
Ces séquences codent pour des protéines. Celles-ci peuvent avoir des fonctions proches, dans un même organisme, ou avoir des fonctions identiques chez des êtres vivants (très) différents ou avoir des fonctions proches chez des êtres vivants différents voire avoir des fonctions très différentes... La structure des protéines est contenue dans le code de l'ADN et leurs fonctions dépendent de leur structure.
Comparer les séquences permet de :
- comprendre des relations de structure entre des protéines,
- de ce fait, de comprendre comment des protéines d'une famille ont traversé l'évolution des espèces,
- de comprendre quel morceau -tel que codé par un motif dans l'ADN- joue un rôle dans le fonctionnement de la protéine.
SI je reprends mes deux morceaux de séquence ci-dessus :
- Le séquençage consiste à faire l'analyse (technique biochimique) de l'ADN pour déterminer l'ordre des quatre lettres.
- L'alignement consiste à rechercher si une suite de lettre d'une séquence peut plus ou moins finement se mettre en ligne avec une suite de l'autre séquence
Vu comme ça, mes exemples ne s'alignent pas.
Mais la séquence :
...ATTCGCGCGATAA...
pourrait s'aligner avec :
...ATCCGCGCATA...
en supposant des mutations par substitution, addition ou délétion de lettres :
...ATTCGCG-CGATAA...
...ATCCGGCGC-ATAA...
- La recherche des motifs vise à trouver des petits bouts de séquence ou motifs caractéristiques d'une structure, d'une fonction ou d'un mode d'action de la protéine. Un exemple, j'ai travaillé sur des protéines hormonales. Les premières connues, chez des Mammifères, ont montré une séquence de 15 lettres communes aux hormones des principales espèces étudiées alors. On en a déduit que ce motif était important pour le fonctionnement des hormones. En étudiant des espèces d'autres groupes (poisons, oiseaux, reptiles...), on a trouvé des hormones semblables, les séquences d'ADN qui correspondent et ce motif de 15 lettres dans les séquences : il a subi des mutations mais planifie un petit bout de protéine très conservé que ce soit chez des Poissons ou des Hommes...