Demande

La question n'est déjà plus tout à fait la même (apparition des séquences biologiques) preuve que tu as réfléchi à lka thématique et à son traitement.

Par pure curiosité, de quelles séquences bio est-il question ? Les séquences des composants des acides nucléiques ou des protéines ou celles des processus élémentaires des phénomènes plus vastes ?

Quel but ultime ?

Comparer des séquences ? Du point de vue de l"évolution ? De l'activité biologique ? Des structures tri-di ? Autres...

Le cahier des charges t'es largement imposé par ce que tu dois analyser.

Comme tu le sais surement, chaque acide aminé est codé dans les acides nucléiques par un "codon", triplet de nucléotides. Ces nucléotides sont au nombre de 4, abréviés A, T, G, C dans l'ADN ou A, U, G, C dans l'ARN. Il y a 22 acides aminés et 64 codons : chacun des premiers peut être codé par plusieurs codons mais chaque codon ne peut coder qu'un acide aminé. Et cetera... Ce sont des données essentielles pour l'étude de l'évolution. Les propriétés physico-chimiques des acides aminés sont par ailleurs importantes pour des études de structure et/ou d'activité...

Au boulot...

Merci pour ces informations qui sont intéressantes.

Vous avez une idée à propos du HMM ( Modèles de Markov Cachés) ?

Bonsoir,

On va essayer...

On note les séquences d'ADN par 4 lettres, symboles des constituants de l'ADN : ATGC.

Une séquence aura cet aspect :
...ATTCGCGCGATAA...
Une autre :
...GCAGCTTGGTATA...
Les points signifient que je te montre des morceaux de chaines très longues (des millions de lettres !)

Ces séquences codent pour des protéines. Celles-ci peuvent avoir des fonctions proches, dans un même organisme, ou avoir des fonctions identiques chez des êtres vivants (très) différents ou avoir des fonctions proches chez des êtres vivants différents voire avoir des fonctions très différentes... La structure des protéines est contenue dans le code de l'ADN et leurs fonctions dépendent de leur structure.

Comparer les séquences permet de :
- comprendre des relations de structure entre des protéines,
- de ce fait, de comprendre comment des protéines d'une famille ont traversé l'évolution des espèces,
- de comprendre quel morceau -tel que codé par un motif dans l'ADN- joue un rôle dans le fonctionnement de la protéine.

SI je reprends mes deux morceaux de séquence ci-dessus :
- Le séquençage consiste à faire l'analyse (technique biochimique) de l'ADN pour déterminer l'ordre des quatre lettres.
- L'alignement consiste à rechercher si une suite de lettre d'une séquence peut plus ou moins finement se mettre en ligne avec une suite de l'autre séquence
Vu comme ça, mes exemples ne s'alignent pas.
Mais la séquence :
...ATTCGCGCGATAA...
pourrait s'aligner avec :
...ATCCGCGCATA...
en supposant des mutations par substitution, addition ou délétion de lettres :

...ATTCGCG-CGATAA...
...ATCCGGCGC-ATAA...

- La recherche des motifs vise à trouver des petits bouts de séquence ou motifs caractéristiques d'une structure, d'une fonction ou d'un mode d'action de la protéine. Un exemple, j'ai travaillé sur des protéines hormonales. Les premières connues, chez des Mammifères, ont montré une séquence de 15 lettres communes aux hormones des principales espèces étudiées alors. On en a déduit que ce motif était important pour le fonctionnement des hormones. En étudiant des espèces d'autres groupes (poisons, oiseaux, reptiles...), on a trouvé des hormones semblables, les séquences d'ADN qui correspondent et ce motif de 15 lettres dans les séquences : il a subi des mutations mais planifie un petit bout de protéine très conservé que ce soit chez des Poissons ou des Hommes...

Bonjour et .................respects !!!! Amicalement

Merci beaucoup Chris , c'est très gentil !
Cordialement.